Сравнивается описание белка YPJD_BACSU с описаниями белков, выполняющих похожие функции, из геномов двух других представителей рода Bacillus. Такие белки называются ортологами.
Белок YPJD_BACSU - предполагаемая пирофосфатаза, настоящая функция выяснена не полностью. Известна 3D-структура этого белка.
Ортологи же этого белка изучены очень мало, их существование и функции только предсказываются.
Белок C3CGJ8_BACTU имеет аминокислотную последовательность, очень во многом совпадающую с с последовательность исследуемого белка. На рисунке ниже представлено сравнение этих последовательностей (сверху белок YPJD_BACSU, снизу - C3CGJ8_BACTU).
Ортологи были найдены в базе Uniprot с помощью запроса "name:"Uncharacterized protein YpjD" AND organism:Bacillus". Такой запрос дал всего три варианта, включая исследуемый белок. Они наиболее близки по названиям. Однако названия белков, начинающиеся на "Y", часто соответствуют неохарактеризованным или только предполагаемым белкам, и на запрос "ypjd AND organism:bacillus" выдается 203 результата, из которых только белок YPJD_BACSU содержится в базе данных Swiss-Prot, то есть имеет полностью аннотированную последовательность, а также экспериментально установленную 3D-структуру.
Описания получены командами:
Ниже представлена таблица, в которой сравниваются белок YPJD_BACSU и его ортологи.
| Основные поля | Метка поля | Для своего белка | Для ортолога 1 | Для ортолога 2 |
| Идентификатор записи | ID | YPJD_BACSU | C3CGJ8_BACTU | D4FY16_BACNA |
| Код доступа первый ("Accession number") | AC | P42979 | C3CGJ8 | D4FY16 |
| Код(ы) доступа остальные) | DR | RefSeq - NP_390131.1, NC_000964.3 | RefSeq - YP_006926203.1, NC_018877.1 | EMBL - AP011541 |
| Дата создания документа | DT | 01-NOV-1995 | 16-JUN-2009 | 18-MAY-2010 |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 09-JAN-2013 | 09-JAN-2013 | 09-JAN-2013 |
| Название (краткое описание) белка | DE | Uncharacterized protein YpjD | Uncharacterized protein YpjD | Putative uncharacterized protein ypjD |
| Название организма | OS | Bacillus subtilis (strain 168) | Bacillus thuringiensis Bt407 | Bacillus subtilis subsp. natto BEST195 |
| Таксономия | OC | Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus | Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group | Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus |
| Название гена и синонимы | GN | Name=ypjD; Synonyms=jojD; OrderedLocusNames=BSU22500; | Name=ypjD; ORFNames=BTB_c15720 | Name=ypjD; ORFNames=BSNT_03349 |
| Номер публикации | RN | [1] | [1] | [1] |
| Автор(-ы) публикации | RA | Sorokin A.V., Azevedo V., Zumstein E., Galleron N., Ehrlich S.D., Serror P. | Zwick M.E., Joseph S.J., Didelot X., Chen P.E., Bishop-Lilly K.A., Stewart A.C., Willner K., Nolan N., Lentz S., Thomason M.K., Sozhamannan S., Mateczun A.J., Du L., Read T.D. | Nishito Y., Osana Y., Hachiya T., Popendorf K., Toyoda A., Fujiyama A., Itaya M., Sakakibara Y. |
| Название публикации | RT | "Sequence analysis of the Bacillus subtilis chromosome region between the serA and kdg loci cloned in a yeast artificial chromosome." | Genomic characterization of the Bacillus cereus sensu lato species: Backdrop to the evolution of Bacillus anthracis." | Whole genome assembly of a natto production strain Bacillus subtilis natto from very short read data." |
| Журнал | RL | Microbiology 142:2005-2016(1996) | Genome Res. 22:1512-1524(2012) | BMC Genomics 11:243-243(2010) |
| Чем обосновано существование белка | PE | Evidence at protein level | Predicted | Predicted |
| Ссылка на базу 3D структур PDB | RX | YPJD_BACSU | Unknown 3D-structure | Unknown 3D-structure |
| Комментарии о функции | CC | Putative pyrophosphatase YPJD from Bacillus subtilis (unknown function) | Unknown function | Unknown function |
| Особенность строения | CC | Homodimer, or homotetramer (Potential) (белок, состоящий из двух или четырех идентичных полипептидных цепей) | Unknown structure | Unknown structure |
| Особенность: активный сайт | CC | 4 SODIUM ION | Unknown structure | Unknown structure |
| Последовательность аминокислот в fasta формате | SQ | YPJD_BACSU | C3CGJ8_BACTU | D4FY16_BACNA |
Оперон — функциональная единица генома у прокариот, в состав которой входят цистроны (гены, единицы транскрипции), кодирующие совместно или последовательно работающие белки и объединенные под одним (или несколькими) промоторами.
Оперон, кодирующий ypjD (nucleotide phosphohydrolase), также задает еще 7 белков:
Рисунок 1. Общее расположение генов.
Рисунок 2. Отдельно ген, кодирующий ypjD.
Источники:
| Дата последнего изменения: 26/04/2013. |
|
© Trushina Nataliya |