Поиск мотивов

Поиск мотивов, программы MEME и MAST

На вход программе MEME (ememe в пакете EMBOSS) были поданы невыровненные последовательности вероятных гомологов белка YPJD_BACSU. Полученный результат можно рассмотреть в виде страницы html. При поиске был задан параметр n - наибольшее число мотивов (n=3). Для найденных мотивов в таблице 1 приведены некоторые параметры и наглядные рисунки с частичными выравниваниями.

Мотив	Число последовательностей в нем	Длина	E-value	LOGO
MOTIF 1	25 (из 53)	41	1.5e-713
MOTIF 2	31 (из 53)	41	1.3e-589
MOTIF 3	23 (из 53)	21	4.2e-196

Таблица 1. Описания мотивов белка YPJD_BACSU и его гомологов.

Сравнение блоков, найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle

Для получения полного выравнивания были удалены последовательности, принадлежащие следующим организмам: Phytophthora infestans T30-4, Arabidopsis thaliana, Deinococcus radiodurans. Выравнивания блоков хорошо совпадают с полными выравниваниями, хотя блоки и включают в себя не все последовательности.

Ниже представлены ссылки на файлы в формате jar для сравнений:

Первый мотив и полное выравнивание

Второй мотив и полное выравнивание

Третий мотив и полное выравнивание

Поиск найденных мотивов в других последовательностях

Программой MAST был проведен поиск мотивов, найденных программой MEME, в последовательностях, из которых составлено выравнивание домена MazG белка YPJD_BACSU. Страница с результатами поиска.

Нашелся мотив 2 (в 2 из 54 последовательностях) и мотив 3 (в 5 последовательностях). Все мотивы не нашлись ни в одной из последовательностей. Выравнивание из pfam соответствует мотивам не в полной мере.