Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro.

Доменная структура белка YPJD_BACSU по данным Pfam

Доменная структура белка YPJD_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
MazG nucleotide pyrophosphohydrolase domain
Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка YPJD_BACSU	Клан
P42979	MazG	Нуклеотид пирофосфогидролазы (или нуклеозид-трифосфат пирофосфогидролазы)	25 - 104	MazG (CL0231), в который также входят DUF550, dUTPase_2, MazG-like, PRA-PH

Домен MazG входит в 20 различных архитектур, причем существует 3126 последовательностей с такой же архитектурой, как у белка YPJD_BACSU.

Известны последовательности 7328 белков, содержащих этот домен.

Для 8 белков, содержащих домен, определена пространственная структура (всего 41 структура) Выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену.

Существует 229 последовательность со следующей архитектурой: TP_methylase, MazG

Рассматриваются последовательности, в которых встречается один из доменов данной архитектуры.

Представленность доменов TP_methylase (PF00590) и MazG (PF03819) в организмах разных таксонов

Таксон		Количество белков с доменом PF00590.	Количество белков с доменом PF03819.
Эукариоты	Зеленые растения	60	105
	Грибы	-	266
	Животные	54	112
	Остальные эукариоты	6	95
Археи		725	115
Бактерии		15713	5051
Вирусы		-	64

Оба рассматриваемых домена являются преимущественно бактериальными, однако эти домены существуют и у других таксонов, причем MazG более распространен среди них.

Сравнение описаний мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro

Самый короткий мотив - домен PF03819 (выделен зеленым цветом). Он описан в банке Pfam.

Cамый длинный мотив - PIRSF029904 (выделен красным). Он описан в банке PIRS.

В InterPro интегрированы следующие структурные подписи: NTP pyrophosphohydrolase MazG-related, YpjD (включает в себя весь белок) и NTP pyrophosphohydrolase MazG, putative catalytic core (домен MazG).

Границы структурных доменов не отличаются от границ доменов Pfam.

Источники:

• Pfam
• InterPro