Поисковые системы

1. Информация поисковой системы SRS о белке YPJD_BACSU

Особенности: YPJD_BACSU – не охарактеризованный белок, предположительно выполняющий функцию пирофосфатазы. Вся цепь состоит из 111 аминокислотных остатка.

2. Поиск показал только 1 структуру PDB, относящуюся к белку – структура 2gta. Файл с результатами поиска в PDB

3. Белки из Firmicutes, выполняющие функцию, сходную с функцией белка MRGA.

Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes, имеющих функцию, сходную с функцией белка YPJD из Bacillus subtilis

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
pyrophosphatase	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes] & [swissprot-AllText:pyrophosphatase])	385
putative pyrophosphatase	(([swissprot-Taxonomy:Firmicutes] & [swissprot-AllText:pyrophosphatase]) & [swissprot-AllText:putative*])	16
putative pyrophosphatase	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes] & [swissprot-AllText:putative pyrophosphatase])	2

4. Полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате.

5. Cписок последовательностей из задания 4, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм (Species), название белка (Description) и длина последовательности.

6. Ответы на вопросы:

Названия каких таксонов начинаются на "bacil"?

Таблица с ответами

Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из рода Bacillus?

23118

Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из отдела Firmicutes?

68230

7. Ззаписи SwissProt, связанные с научными интересами известного российского(советского)биолога А.А.Нейфаха.

А.А.Нейфах занимался изучением белков бактерии Bacillus Subtilis.

Ниже представлена таблица с записями, в которых Нейфах - автор первой публикации. В ней представлены описание белка, авторы, название и год публикации.

Таблица

Запрос, по которому были найдены работы, одним из авторов которых был А.А.Нейфах:

Источники:

Поисковая система SRS