Онлайн BLAST

Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

По 300-нуклеотидному фрагменту №38, используя программу megablast, получили следующие данные: организм - Pyrobaculum aerophilum str. IM2, AC записи RefSeq: AE009441, координаты данного фрагмента в записи: 1145-1444, фрагмент является кодирующим (он частично кодирует paREP1 (954..1427)).

Поиск гомолога белка человека TPK1_HUMAN в слоне

Был выбран белок TPK1_HUMAN (Thiamin pyrophosphokinase 1), его последовательность

На сайте ENA был проведен поиск гомолога TPK1_HUMAN в геноме африканского слона. Была получена только одна находка, ее e-value: 3E-102, длина полученного выравнивания равна 205, а identity - 85%. Координаты найденного гена в геноме слона: 4625838->4824107, количество интронов в данном гене равно 5.

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Дана бактерия Macrococcus caseolyticus, принадлежащая порядку firmicutes. В ее полном геноме выбрали на обратной цепи трнк (1349423 - 1349493) и вырезали ее последовательность

В таблице приведены результаты поиска выравниваний с помощью бласт с разными параметрами.

megablast	blastn с параметрами по умолчанию	blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1
166	2045	2642

При поиске с помощью megablast исключаются все слишком похожие последовательности, blastn более чувствителен и находит большее количество последовательностей, повышение чувствительности с изменением бонусов и штрафов за гэпы, длиной искомых слов дает еще больше последовательностей. Поиск проводился по таксону Firmicutes, поэтому такое количество найденных белков объяснимо.