Геномные браузеры

UCSC

Нашли выбранный белок TPK1 человека в UCSC браузере:

короткое и полное имя гена - TPK1_HUMAN и thiamin pyrophosphokinase 1

он закодирован на обратной цепи

находится - в седьмой хромосоме

участок принадлежит плечу chr7:q35

координаты гена в последовательности хромосомы: 144,149,034-144,533,488

На рисунке ниже представлены по порядку: гены USCS и RefSeq, полиморфизмы - SNPs, метилирование ДНК и консервативность последовательности среди млекопитающих.

Ensembl

Построили выравнивание выбранного гена с гомологичным геном шимпанзе.

Результат в CLUSTAL формате

Командой "distmat -calculatea" определили число различий генов человека и шимпанзе.

 	    1	    2
	  0.00	  1.42		homo_sapiens/1-385863 1
		  0.00		pan_troglodytes/1-385863 2

Это число говорит о не очень больших различиях между данными генами человека и шимпанзе, что можно было предположить, учитывая их близкое родство.

Число различных полиморфизмов (различий в геномах разных людей) в этом гене - 66854. Большая часть из них - за счет интронов (63012).