Структуры нуклеиновых кислот

Нуклеотиды и фрагменты нуклеиновых кислот, созданные в программе ChemSketch

На приведенном ниже рисунке пронумерованы атомы остатков азотистых оснований и сахара, а также выделены красным цветом атомы (и их номера), связанные N-гликозидной связью, в псевдоуридине нет гликозидной связи.

Рис. 1 2'-дезоксигуанозиндифосфат, 2'-дезокситимидинмонофосфат, уридин, псевдоуридин

Далее приведен рисунок, на котором воспроизводится изображение ДНК из презентации к занятию 1. Пунктирными линиями показаны водородные связи, возникающие при стандартных взаимодействиях между Уотсон-Криковскими парами. Стрелки указывают направления от 5'-концов к 3'-концам цепи. Красным цветом выделены остатки фосфорилированных сахаров.

Рис. 2 Фрагмент двухцепочечной ДНК

Структура водородных связей в канонических и теоретически возможных неканонических парах, образованных цитозином

Все водородные связи показаны пунктирной линией. При выполнении задания предполагалось, что донорами водорода являются группы -NH2 и >NH, а акцепторами водорода атомы О и N, которые не связаны с водородом, а также учитывалось, что водородные связи имеют примерно одинаковую длину и геометрию. Некоторые из взаимодействий очень маловероятны, так как при их выполнении нарушалось бы образование гликозидной связи (такие пары чаще нарисованы в виде оснований, а не нуклеотидов). Иногда в таких случаях образуются другие виды связи, как в случае с псевдоуридином, или гликозидная связь образуется не с 9 атомом. Возможно образование и одиночных водородных связей, хотя они менее устойчивы.

Каноническая пара цитозин-гуанин

Неканонические взаимодействия с гуанином

Неканонические взаимодействия с аденином

Неканонические взаимодействия с тимином

Неканонические взаимодействия с цитозином

Файл Chemsketch со всеми использованными структурами