Нуклеотидные банки данных

Знакомство со структурой банка RefSeq посредством поисковой системы SRS

При помощи SRS был выведен список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisia:

REFSEQ_DNA:NC_001133	NC_001133	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 	230218	
REFSEQ_DNA:NC_001134	NC_001134	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 	813184	
REFSEQ_DNA:NC_001135	NC_001135	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 	316620	
REFSEQ_DNA:NC_001136	NC_001136	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 	1531933	
REFSEQ_DNA:NC_001137	NC_001137	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 	576874	
REFSEQ_DNA:NC_001138	NC_001138	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 	270161	
REFSEQ_DNA:NC_001139	NC_001139	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 	1090940	
REFSEQ_DNA:NC_001140	NC_001140	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 	562643	
REFSEQ_DNA:NC_001141	NC_001141	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 	439888	
REFSEQ_DNA:NC_001142	NC_001142	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 	745751	
REFSEQ_DNA:NC_001143	NC_001143	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 	666816	
REFSEQ_DNA:NC_001144	NC_001144	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 	1078177	
REFSEQ_DNA:NC_001145	NC_001145	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 	924431	
REFSEQ_DNA:NC_001146	NC_001146	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 	784333	
REFSEQ_DNA:NC_001147	NC_001147	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 	1091291	
REFSEQ_DNA:NC_001148	NC_001148	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 	948066	
			

Далее будет рассматриваться VII хромосома. Ее длина - 1090940, количество генов - 574 и тРНК - 36.

Примеры четырёх генов на заданной хромосоме:
• - ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов - gene="MDS3" (124698..129161)
• - ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов - gene="COG1" (complement(79112..80365))
• - ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон - gene="TAN1" (join(62075..62131,62190..63002))
• - ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон - gene="MND1" (complement(join(156543..157199,157283..157285)))

Получение последовательности, кодирующей белок YPJD_BACSU

С помощью команды entret:P42979 были найдены AC несколько записей EMBL:

DR   EMBL; L38424; AAA92873.1; -; Genomic_DNA.
DR   EMBL; L47709; AAB38441.1; -; Genomic_DNA.
DR   EMBL; AL009126; CAB14166.1; -; Genomic_DNA.
			

В файле, полученном командой entret embl:L38424, была найдена кодирующая последовательность белка AAA92873.1. Ее границы: (1011..1346). Командой seqret с опцией -sask был получен файл с интересующей последовательностью