Классификация ферментов (EC)

Информация о ферменте

На сайте Uniprot по по идентификатору P60900 нашли EC-код: 3.4.25.1

Это протеасомный эндопептидазный комплекс

Какие активности соответствуют цифрам кода:
• 3 - Hydrolase - гидролазы
• 3.4 - Acting on peptide bonds (Peptidases) - пептидазы
• 3.4.25 - Threonine endopeptidases - треонин эндопептидазы
• 3.4.25.1 - proteasome endopeptidase complex - протеасомный эндопептидазный комплекс

Реакция: расщепление пептидных связей с очень высокой специфичностью

Рис. 1. Пример схемы реакции

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

Запрос	Число находок
3.*.*.*	1327
3.4.*.*	442
3.4.25.*	19
3.4.25.1	19

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

Нашлось 1724 белков Mus musculus с совпадающим классом - 3.

Список, в котором для каждого ID указан его полный EC-код и последовательности в Fasta-формате: список

Файл с последовательностями найденных белков в Fasta-формате: файл

Белков, у которых такой же подкласс - 583, 3.4.25.* - 51 белок и 3.4.25.1 - 49 белков.

Бласт обнаружил ровно 100 белков (позиций больше было задано). Из них точно можно считать гомологом только один, остальные 25 имеют большие перекрытия (значения Query cover), но у второго в списке уже идентичность равна всего 36%. Предполагаю, что их можно считать гомологами по значениям e-value и перекрытиям, которые, должно быть, соответствуют функциональным частям белков.

Оказалось, что все 26 белков с большими пересечениями полностью совпадают по EC-коду с P60900, то есть принадлежат к одному классу, подклассу и так далее.

Ниже представлено выравнивание найденных белков, в красной рамке - человеческий, остальные - найденные ранее для Mus musculus.