Предсказывали вторичную структуру рРНК метилтрансферазы RsmE - 4j3c (в pdb файле представлены и альфа-спирали, и бета-листы) с помощью программы STRIDE.
Ссылка на текстовый файл с выдачей программы
На рисунке 1.1 представлена визуальная репрезентация предсказания программы для обеих цепей.
Рис. 1.1. Предсказание вторичной структуры 4j3c с помощью STRIDE. Красным показаны альфа-спирали, зеленым - бета-листы, желтым - повороты. Редко встречающихся типов структур (например, 3-10 или Пи-спиралей) не было обнаружено.
Ссылка на текстовый файл вторичных элементов файла pdb
Рис. 1.2. Изображение вторичных элементов 4j3c. Циановым показаны альфа-спирали, белым - бета-листы.
Поиск в STRIDE дал все альфа спирали (6 и 7) и по 11 бета-листов в каждой цепи. Нумерация совпадает с pdb файлом. Альфа-спирали в основном совпадают, их границы могут отличаться на 1 аминокислотный остаток, как показано на рисунке 1.3.
Рис. 1.3. Зеленая колонка - результаты поиска в STRIDE, синяя - в pdb файле. Голубым отмечены несовпадающие позиции, все отличаются на 1 аминокислотный остаток.
При внимательном рассмотрении оказалось, что в pdb файле некоторые позиции бета-листов совпадают, 4 из них повторяются (рис. 1.4).
Рис. 1.4. Зеленая колонка - результаты поиска в STRIDE, синяя - в pdb файле. Розовым были отмечены несовпадающие позиции, оранжевым - повторяющиеся бета-листы. Красной рамкой выделены бета-листы, которые не были найдены STRIDE. Так что в каждой цепи в pdb файле указано по 12 бета-листов, а было найдено с помощью STRIDE - по 11.
Рис. 1.5. Красным показаны листы (по 1 аминокислотному остатку, образующему водородные связи), которые не были найдены с помощью STRIDE.
Редких элементов не было обнаружено.
С помощью SheeP построили карту 4 бета-листов, выбрали первый, все остатки которого принадлежат цепи A, ниже приведена карта и изображение этого листа в структуре (рис. 2.1 и 2.2)
Рис. 2.1. Карта одного из бета-листов, полученная с помощью SheeP.
Рис. 2.2. Изображение этого же листа в структуре, построенное с помощью Jmol.
Для того, чтобы показать соответсвие одного из столбцов (третий, красный) на карте хребту в бета-листе, выделили все остатки из этого столбца (crest_2: Ser42, Ile58, Leu68, His22). (рис. 2.3)
Рис. 2.3. Хребет в бета-листе, соответствующий третьему столбцу на карте показан красным цветом. Здесь и далее изображения получены с помощью Jmol.
Остатки, расположенные с разных сторон листа, SheeP выделяет желтым и красным фоном соответственно. Большинство остатков, выделенных красным на карте, гидрофобные (аланин, лейцин и др.), они составляют сторону, обращенную к гидрофобному ядру (рис. 2.4), тогда желтые остатки смотрят наружу (рис. 2.5), также есть линкерные остатки, не отнесенные ни к одной стороне (они на обоих рисунках показаны синим).
Некоторые команды для представленных изображений
Рис. 2.4. Красные остатки в основном смотрят в сторону гидрофобного ядра.
Рис. 2.5. Желтые остатки в основном смотрят наружу.
Далее рассматривали первые 4 гребня четырех бета-тяжей. Построили для них водородные связи в Jmol (рис. 2.6).
Рис. 2.6. Водородные связи между остатками.
В SheeP можно получить карту водородных связей (рис. 2.7).
Рис. 2.7. Водородные связи. Остатки, которые на карте красные, указываются квадратных скобках, желтые - фигурными, не отнесенные ни к какой поверхности - без скобок. Параллельные связи показываются символом "|", антипараллельные - "\" или "/". На рассмотренном участке все связи параллельны.
|
Дата последнего изменения: 11/11/2015. | © Trushina Nataliya |