Нахождение гидрофобных кластеров

5. Нахождение гидрофобных кластеров в структуре 4j3c

С помощью сервиса Clud со стандартными параметрами (порог 5.4 Å и кластеры размером не менее 3 атомов, далее - 5.4 Å и 3 атома) были найдены гидрофобные кластеры для структуры 4j3c (рис. 6.1).

Рис. 5.1. Самый большой гидрофобный кластер при поиске с параметрами 5.4 Å и 3 атома.

Рис. 5.2. Другие крупные гидрофобные кластеры при поиске с параметрами 5.4 Å и 3 атома.

Рис. 5.3. Гидрофобный кластер соответствующий рассматриваемой ранее структуре бета-листа.

Рис. 5.4. Таблица со всеми найденными кластерами при поиске с параметрами 5.4 Å и 3 атома. Раскраска строк соответствует раксраске кластеров в структурах, представленных выше.

Рис. 5.5. Отдельные гидрофобные кластеры двух цепей, найденные при поиске с параметрами 4.5 Å и 5 атомов.

Рис. 5.6. Все гидрофобные кластеры в структуре 4j3c, найденные при поиске с параметрами 4.5 Å и 5 атомов.

Рис. 5.7. Таблица со всеми найденными кластерами при поиске с параметрами 4.5 Å и 5 атомов. Раскраска строк соответствует раскраске кластеров в структурах, представленных выше.

6. Нахождение гидрофобных кластеров на интерфейсе двух цепочек в структуре 3PT6

1DH3 - структура bZIP домена лейциновой застежки, две белковые цепи (A и C в данной структуре) держатся вместе гидрофобными взаимодействиями, поэтому искали гидрофобные кластеры в этой структуре, параметры 5,4 Å и 10 атомов.

Рис. 6.1. Гидрофобные кластеры между двумя цепями, найденные при поиске с параметрами 5,4 Å и 10 атомов.

Ссылка на страницу Clud