Построение поверхности, раскраска участка поверхности: PyMol

7. Построение поверхности для комплекса димера пуринового репрессора с ДНК

Достроили выданную структуру 1ZAY до димера с помощью команды [symexp sym, pdb1zay, pdb1zay, 2] в PyMol. Посмотрели в PyMol, что цепь ДНК называется M (display -> sequence). Контакты смотрели на расстоянии 3,5 Å. Получали изображения поверхностей командами: set transparency, 0.2; set surface_quality, 2; ray.

Рис. 7.1. Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера.

Рис. 7.2. Поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт.

Рис. 7.3. Поверхность контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.

8. Гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка в том же комплексе

Сохранили файл pdb с димером пуринового репрессора, предварительно переименовав цепи (пример команды: alter sym02000000 and chain A, chain="B"), подавали полученный файл на вход Clud для нахождения гидрофобных кластеров объёмом не менее 10 атомов, на расстоянии 3,5 Å на интерфейсе мономеров белка в этом комплексе. Создали такое же изображение, как в 7.1, на котором поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена желтым цветом (рис. 8.1 и 8.2). С такими параметрами получили 4 гидрофобных кластера между цепями.

Ссылка на полученный с помощью CluD текстовый файл

Из списка выбрали нужные нам кластеры (34, 43, 101, 236).

Файл с полученными командами для выделения необходимых атомов

Рис. 8.1. Поверхность контакта мономеров, белковые цепи показаны в виде остовной (ribbon) модели. Поверхность, включающая атомы гидрофобных кластеров окрашена в желтый цвет.

Рис. 8.2. Приближенная поверхность контакта в районе 34-ого кластера (симметричен 43-ему).

Ссылка на страницу Clud