Для человеческой ДНК метилтрансферазы 1 DNMT1(646-1600) в комплексе с ДНК нашли границы доменов согласно различным классификациям.
В SCOPe 2.05 было найдено 5 доменов, третий и четвертый - BAH домены, первый - цинковые пальцы, а второй - линкерный:
В ECOD было найдено 4 разных домена (два BAH домена, домен цинковых пальцев разбит на два участка), их границы показаны на рисунке 9.1.
Рис. 9.1. Выдача ECOD по запросу 3pta.
CATH не показал доменов 3pta в отдельной таблице, может, потому что это неполная (646-1600) или не до конца отрецензированная структура.
Ссылка на страницу 3pta в CATH
В Pfam по запросу 3pta нашли запись DNMT1_HUMAN, в ней показано 6 аннотированных доменов (рис. 9.2 и 9.3).
Рис. 9.2. Домены Pfam и их координаты.
Рис. 9.3. Карта доменов Pfam. Серые шпильки - участки связывания цинка, красная - активный сайт (остатки, участвующие в катализе).
В Pfam были найдены домены из начального участка DNMT1, полученные из других структур. Это DMAP-связывающий домен (DMAP - транскрипционный корепрессор) и цитозин-специфический домен репликативной вилки, дальше будут сравниваться только домены, совпадающие с найденными по структуре 3pta.
Границы доменов в разных базах данных достаточно близки. Отличие SCOPe - найденный линкерный домен, ECOD - разделение домена цинковых пальцев, границы BAH1 немного отличаются, в Pfam домены были найдены не только по структуре 3pta, возможно, они в чем-то точнее других.
Рис. 9.4. Сравнение границ доменов.
|
Дата последнего изменения: 11/11/2015. | © Trushina Nataliya |