Создание паттернов аминокислотных последовательностей 1 Создать паттерны по множественному выравниванию и провести поиск по паттернам в банке данных Swiss-Prot |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Из выравнивания, полученного на прошлом занятии, выберем фрагмент с 257-й позиции по 269-ю:![]() Для этого фрагмента создадим три паттерна: |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Естественно, что в первом случае нашлась только исходная последовательность - ведь в выравнивании все последовательности отличаются. Во втором случае, кроме последовательностей из выравнивания, нашлись еще 10 других последовательностей. Все они - близкие к исходным и являются частями белков из семества ОТС-аз, как и белки в выравнивании. Интересно, что там, где в паттерне стоит х(0,1) - то есть где могло бы быть все что угодно: гэп либо любой а.о. - у всех последовательностей, кроме одной, стоит остаток аланина (единственная отличающаяся по этому признаку последовательность - это OTC_PSEPK, которая была и в выравнивании), что указывает на консервативность структуры. В третьем случае паттерн был "ослаблен" (уменьшена его длина, в позиции с 5 возможными вариантами а.о. были разрешены все а.о.), и результат поиска заметно отличается от предыдущего. Среди найденных белков большинство относится к другим семействам и довольно далеки от исходных. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке ОТС1_Ecoli |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
к проектам на главную |