Занятие 3

1. Укоренение в среднюю точку

Берем дерево, построенное ранее с использованием алгоритма Neighbor-joining: seqs_al_n.treefile. При помощи программы retree получим укорененное дерево
(((NEIMA:0.32033,BURCA:0.36181):0.09904,(VIBFM:0.23795,(ECOLI:0.09459,
(YERPE:0.0,YERPS:0.0):0.14193):0.05434):0.19205):0.05627,(BRAJA:0.34804,
RHIEC:0.2574):0.16909);
и сравним его с правильным:

Видим, что дерево соответствует правильному и укоренено в нетривиальную ветвь
{RHIEC,BRAJA} против {BURCA,NEIMA,VIBFM,ECOLI,YERPS,YERPE}
Это укоренение совпадает с укоренением, сделанным при использовании алгоритма UPGMA.

Укоренять деревья, построенные методом максимальной бережливости, невозможно, поскольку этот метод не выдает длин ветвей (не учитывает молекулярные часы).

2. Использование аутгруппы

В качестве аутгруппы был взят фактор элонгации трансляции Tf сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU). Эта последовательность была выравнена с исследуемыми при помощи muscle (файл с выравниванием: seqs_outgroup.fasta). Полученное выравнивание было подано на вход программе fprotpars. Сравним полученное дерево
((BURCA,((((YERPS,YERPE),ECOLI),VIBFM),NEIMA)),(RHIEC,BRAJA));
(аутгруппа убрана)
с полученным этой же программой без аутгруппы на прошлом занятии:

Как видим, деревья совпадают. При этом они не совпадают с правильным деревом: разбивается ветвь
{BURCA,NEIMA} против {BRAJA,RHIEC,VIBFM,ECOLI,YERPS,YERPE}
и появляется нетривиальная ветвь
{NEIMA,VIBFM,ECOLI,YERPE,YERPS} против {BURCA,BRAJA,RHIEC})

3. Бутстрэп-анализ

Для бутстрэп-анализа филогении исследуемых последовательностей было проведено следующее:
1) созданы 100 бутстрэп-реплик выравнивания последовательностей программой fseqboot (выходной файл seqs_al_boot.fseqboot);
2) по полученным репликам программой fprotpars созданы деревья (выходной файл: seqs_al_boot.fprotpars);
3) из них создано единое дерево по принципу "расширенного большинства" при помощи программы fconsense (выходной файл: seqs_al_boot.fconsense).
Полученное дерево выглядит так: 
                       +--------------------VIBFM
                       |
                +100.0-|             +------YERPS
                |      |      +100.0-|
                |      +-97.0-|      +------YERPE
         +-78.0-|             |
         |      |             +-------------ECOLI
         |      |
  +------|      +---------------------------NEIMA
  |      |
  |      |                           +------BRAJA
  |      +---------------------100.0-|
  |                                  +------RHIEC
  |
  +-----------------------------------------BURCA
Дерево совпадает с предыдущими деревьями, построенными fprotpars. Таким образом, реконструкция филогении не улучшилась по сравнению с результатом fprotpars на исходном выравнивании. Здесь также отделяется отсутствующая в правильном дереве ветвь
{NEIMA,VIBFM,ECOLI,YERPE,YERPS} против {BURCA,BRAJA,RHIEC}
Рассмотрим ветви, не получившие большинства:
Ветвь								Поддержка
{BURCA,NEIMA} против {YERPS,YERPE,ECOLI,VIBFM,RHIEC,BRAJA}	16.50
{NEIMA,RHIEC,BRAJA} против {BURCA,YERPS,YERPE,ECOLI,VIBFM}	5.50
{ECOLI,VIBFM} против {BURCA,NEIMA,YERPS,YERPE,RHIEC,BRAJA}	3.00
Первая ветвь в этом списке - это ветвь, присутствующая в правильном дереве, но разбитая при бутстрэп-анализе. Среди не получивших большинства ветвей она имеет наибольшую поддержку (16.50).

Назад