| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  |   |
11. Пространственное выравнивание и совмещение1. Построение совмещений в PyMOLНеобходимо построить три совмещения цепи А записи 1HY0 и цепи А записи 1I0A (по каждому из доменов CATH). Для этого скачаем с сайта PDB записи 1HY0.pdb и 1I0A.pdb, а также при помощи сервера pDomains посмотрим, как цепи А этих записей разделяются на домены методом CATH:1HYO, chain A: 1HY0A1 27-123, 195-234 1HY0A2 124-194, 235-364, 437-463 1HY0A3 365-436 1I0A, chain A: 1I0AA1 27-123 , 195-234 1I0AA2 124-194 , 235-364 , 437-463 1I0AA3 365-436Далее построим совмещения по каждому из доменов при помощи команды в PyMOL: align <домен1>,<домен2>На всех изображениях совмещений красным показан участок структуры 1HY0, зелёным - 1I0A. Совмещение первых доменов: RMSD = 0,371 ![]() Видно, что домены хорошо совпадают, за исключением участка 71-88. Совмещение вторых доменов: RMSD = 0,409 ![]() Здесь домены также совпадают практически полностью. Из общей картины выбивается только "петля" между остатками 277-290. Совмещение третьих доменов: RMSD = 0,527 ![]() В этом случае домены совместились практически идеально. 2. Построение структурного выравниванияПри помощи программы PDBeFOLD (она же SSM) построим структурное выравнивание цепи A из 1AKH и цепи A из 1W0T. Затем по данному выравниванию с помощью сервиса Geometrical core найдём геометрическое ядро с порогом 2Å. Для этого необходимо изменить названия последовательностей. В результате получаем таблицу аминокислотных остатков, образующих геометрическое ядро:
По СА-атомам, входящим в геометрическое ядро, совместим структуры в PyMOL командой pair_fit: pair_fit 1AKH and (resi 83-85,87,100-103,110-124) and chain a and name ca, 1W0T and (resi 389-391,393,403-406,416-430) and chain a and name caRMSD = 0,865 В результате получено следующее изображение геометрического ядра (здесь и далее структура 1AKH выделена зелёным, 1W0T - сиреневым): ![]() Полные цепи, совмещённые по геометрическому ядру: ![]() Совмещение довольно неплохое, о чём свидетельствует и значение RMSD. Теперь совместим полные цепи командой align: align 1AKH & chain a & name ca,1W0T & chain a & name caRMSD = 3,231 Видно, что цепи совместились совершенно неправильно: ![]() Можно совместить цепи не только по СА-атомам: align 1AKH & chain a,1W0T & chain aRMSD = 1,340 ![]() В этом случае значение RMSD ниже, чем в предыдущем, да и цепи совместились качественнее. Но совмещёнными остались только те же небольшие участки цепей, что и при совмещении по СА-атомам. Теперь рассмотрим, как работает команда super: align 1AKH & chain a,1W0T & chain aRMSD = 2,186 ![]() Значение RMSD для такого совмещения не особенно хорошее, но из рисунка видно, что цепи совместились куда лучше, чем в случае команды align. Назад |