| ||||
  |   |
3. Электронная плотность1. Работа с PDB-записью 2B5AНа сайте EDS получим карту электронной плотности: 2b5a.omap. Карта загружается в PyMOL.В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации. Сначала получим изображение глутамина 21 цепи C, на котором видны поверхности уровней 1 (малиновая поверхность) и 0.5 (жёлтая) электронной плотности в окрестности этого остатка: ![]() Буквами А и В подписаны две альтернативные конформации боковой цепи. Видно, что в конформации В электронная плотность между атомами CG и CD очень низкая Для получения изображения вводилась последовательность команд:
Изображение глутамина 21 цепи D: ![]() Электронная плотность выше рядом с электроотрицательными атомами (O, N). Между атомами CG и CD электронная плотность снижена, но не настолько, как в случае конформации В глутамина цепи С. 2. Работа с PDB-записью 1DUVКарта электронной плотности: 1duv.omap.Получим изображение электронной плотности вокруг проволочной модели остатка Arg72 цепи G. Как и в предыдущих случаях, малиновым окрашена поверхность, соответствующая уровню 1, жёлтым - уровню 0.5: ![]() Назад |