| ||
  |   |
7. Характеристики PDB-файла; биологические единицы1. Технические характеристики PDB-записи 1DUV
2. Вычисление относительных координат атомовВычислим относительные координаты одного из СА-атомов исследуемого белка. Для этого воспользуемся матрицей перехода к относительным координатам:SCALE1 0.011537 0.000000 0.000000 0.00000 SCALE2 0.000000 0.007450 0.000000 0.00000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.009149 0.00000Возьмём СА-атом серина-2 цепи G: ATOM 2 CA SER G 1 19.118 15.243 52.461 1.00 70.26 CРассчитаем его относительные координаты: 19,118 * 0,011537 + 15,243 * 0,000000 + 52,461 * 0,000000 = 0,220564366 19,118 * 0,000000 + 15,243 * 0,007450 + 52,461 * 0,000000 = 0,113560350 19,118 * 0,000000 + 15,243 * 0,000000 + 52,461 * 0,009149 = 0,479965689 3. Биологическая единица записи 1PNRC сервера PDBe получим файл с биологической единицей записи 1PNR. Сравним биологическую и асимметрическую единицы комплекса.Асимметрическая единица представляет собой одну белковую цепь, связанную с одной цепью ДНК: ![]() Биологическая единица, в свою очередь, является белковым димером, который взаимодействует с двуцепочечной ДНК (грубо говоря, биологическая единица является удвоенной асимметрической): ![]() Анализируя структуру одной лишь асимметрической единицы, нельзя правильно рассмотреть контакты между двумя асимметрическими единицами в биологической. Кроме того, сложно также говорить о взаимодействии белка с ДНК, поскольку в природе у E.coli, которой принадлежит белок, ДНК двуцепочечна. Также, очевидно, взаимодействие двух полипептидных цепей влияет на связи всего белкового комплекса с ДНК. Назад |