.jpg)
При выполнении этого практикума я использовала аминокислотную последовательность белка beta-lactamase domain-containing protein бактерии Cyanothece sp. PCC 8801. Для определения того, какие домены Pfam встречаются в аминокислотной последовательности белка beta-lactamase domain-containing protein бактерии Cyanothece sp. PCC 8801 я использовала поиск по последовательности на сайте Pfam. Он выдал два семейства Lactamase_B и RMMBL. Графическое представление результатов поиска можно увидеть на рис.1. Я сохранила seed выравнивание семейства Lactamase_B(ссылка Alignments) в формате fasta.
Рис.1 Графическое представление результатов поиска
Для построения консеснусной последовательности сначала я использовала программу cons на сервере http://emboss.bioinformatics.nl/. Полученный результат сожержит огромное количество х, поэтому я решила построить консенсусную последовательность в JalView (результат).
При постороении LOGO одного блока в полученном выравнивании я использовала http://weblogo.berkeley.edu/. Результат представлен на рис.2.
.png)
Рис.2 LOGO для одного блока
Для этого же блока я построила сильный и слабый паттерны. Сильный паттерн - тот, с помощью которого, в идеале, находятся только гомологичные
последовательности. Для его составления можно было использовать много условий на колонки. Эти условия должны были быть оправданы дополнительными
соображениями - свойствами аминокислотных остатков, правильностью выравнивания, возможными удлиннениями гэпов и др. Но с помощью сильного паттерна
возможен пропуск находок. Сильный паттерн: [LIVN]-[TSN]-H-x-[HDE]-x-D-H-[IVA]-G-[GA]-[LAVN]-x(2)-[LFIV]. Было найдено 168 последовательностей,
содержащих мотив с сильным паттерном, в SwissProt. Слабый паттерн - тот, с помощью которого, в идеале, находятся все мотивы, но возможно
значительное число ложных находок. Слабый патерн: [LIVN]-[TSN]-H-x-[HDE]-x-D-H-x(3)-[LAVN]-x(2)-[LFIV]. По слабому паттерну было найдено 718
последовательностей в SwissProt.
Проект со всеми выравниваниями в JalView