Я считаю, что в белке 7 гидрофобных ядер: два больших центральных ядра
и пять небольших, расположенных с правого и левого конца молекулы белка.
Белок состоит из четырех цепей, вторичная структура которых симметрична,
но количество атомов в цепях различно (максимум различия - 105 атомов,
цепи состоят примерно из 4200 атомов). Поскольку вторичная структура белка
внешне симметрична, мне показалось странным, что в одной части молекулы
выделяется три небольших гидрофобных ядра, а в другой части молекулы
одно из трех небольших ядер слилось с большим гидрофобным ядром.
Таблица 1. Характеристика гидрофобных ядер.
№
Название гидрофобного ядра
Число атомов в гидрофобном ядре
Процент от всего числа атомов
1
core10
1931
11,43%
2
core2
1775
10,50%
3
core62
139
0,82%
4
core50
135
0,80%
5
core34
133
0,79%
6
core49
100
0,59%
7
core16
99
0,59%
Атомы, практически полностью покрывающие поверхность определенного остатка,
расположены от него на расстоянии 5 ангстрем.
Характерное расстояние между соседними атомами в ядре - 4 ангстрем.
Скорее всего, между соседними атомами может поместиться еще один небольшой атом.
Ван-дер-ваальсов радиус молекулы воды 1.4 ангстрема, а расстояние между соседними
атомами примерно 4 анстрема,
поэтому молекула воды, скорее всего, не может поместиться между соседними атомами.
Белок 2ATL востанавливает нарушения, образовавшееся в результате повреждения ДНК
активной формой кислорода.
.jpg)