Упражения.
UniProt
1. Определите код референсного протеома бактерии Brucella abortus
Ответ: UP000002719
2. Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus
Ответ: 14
3. Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus,
кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные (uncharacterized protein)
Ответ: 13
4. Найдите белки, связывающие атом железа, в референсном протеоме B.abortus
Ответ: 29
PubMed
5. Найдите статью Блюменталя (Blumenthal) с названием "Транс-сплайсинг и опероны C.elegans"
Ответ: Blumenthal[au] AND Trans-splicing and operons in c. elegans[ti]; нашлась 1 статья; PMID: 23175478
6. Получите список публикаций, в которых цитируется данная работа
Ответ: Список статей
Тема 1. Белки, содержащие селеноцистеин
UniProt
Таблица аннотированных белков, содержащих селеноцистеин (254).
Белки, содержащие селеноцистеин, встречаются во всех трех доменах (
Archaea (16)
, Bacteria (52)
, Eukaryota (185),
а так же есть у вирусов (
Viruses (1)).
Царства эукариот, в которых встречаются белки, содержащие селеноцистеин:
Metazoa (179),
Viridiplantae (1) и Haptophyceae (2),
Mycetozoa (3).
Pubmed
Таблица статей про селеноцистеин
21 аминокислота селеноцистеин (SEC) закодирована в генетическом коде кодоном UGA в сочетании со спецефической последовательностью
Secis, белком, связанным с Secis, и с тройным комплексом со специфическим фактором элонгации селеноцистеина, Sec-tRNA(Sec) и GTP.
Общее название белков, сожержащих селеноцистеин, - селенопротеины.
PDB
Таблица белков в PDB
На сервесе Uniprot Retrieve/ID mapping было найдено 44 идентификатара селенопротеинов в PDB, однако
Advanced search нашел только 42 белка.
Запросы:
annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes
annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes AND taxonomy:Excavata
annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes AND taxonomy:Archaeplastida
annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes AND taxonomy:Chromalveolata
annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes AND taxonomy:Rhizaria
annotation:(type:non_std selenocysteine) taxonomy:amoebozoa AND reviewed:yes
annotation:(type:non_std selenocysteine) taxonomy:opisthokonta AND reviewed:yes
annotation:(type:non_std selenocysteine) taxonomy:Holomycetes AND reviewed:yes
annotation:(type:non_std selenocysteine) taxonomy:Mesomycetozoa AND reviewed:yes
annotation:(type:non_std selenocysteine) taxonomy:Choanozoa AND reviewed:yes
annotation:(type:non_std selenocysteine) taxonomy:metazoa AND reviewed:yes
annotation:(type:non_std selenocysteine) taxonomy:archaea AND reviewed:yes
annotation:(type:non_std selenocysteine) taxonomy:viruses AND reviewed:yes
annotation:(type:non_std selenocysteine) taxonomy:bacteria AND reviewed:yes
annotation:(type:non_std selenocysteine) NOT taxonomy:amoebozoa NOT taxonomy:opisthokonta NOT taxonomy:archaea NOT taxonomy:viruses NOT taxonomy:bacteria AND reviewed:yes
selenocysteine[tw] AND (Review[ptyp] AND free full text[sb])
selenocysteine[ti] AND Sec AND (Review[ptyp] AND free full text[sb])
.jpg)