.jpg)
При выполнении этого практикума я использовала множественное выравнивание
align_03.fasta, гомологичную последовательность
sequence_03.fasta, заведомо негомологичную последовательность
sequence_1.fasta и множественное "выравнивание" неродственных
белков из списка белков, с которыми работают другие студенты.
Проект: множественные выравнивания
В JalView я создала изображения множественного выравнивания гомологичных последовательностей
с раскраской BLOSUM62 с порогом консервативноcти 30 и ClustalX. Для сортировки выравнивания по
сходству я построила дерево Neighbour Joining Using BLOSUM62.
Рис.1 Дерево, построенное Neighbour Joining Using BLOSUM62.
Рис.2 Выравнивание с раскраской BLOSUM62 с порогом консервативноcти 30
Рис.3 Выравнивание с раскраской ClustalX.
Затем я искала участки, в которых можно ожидать гомологию аминокслотных остатков из
разных последовательностей. Вертикальные блоки я обозначала символом В, участки между блоками,
объединяемыми в один кластер - символом С, а самый длинный участок, не входящий в состав блоков
и кластеров - символом Х.
Рис.4 Выравнивание с обозначением.
Я обозначила участок, на котором остатки двух последовательностей, предположительно, гомологичны,
а остатки остальных - скорее негомологичны им (нет данных за их гомологичность), символом Н и
объединила этот участок в группу. Я считаю этот участок гомологичным, потому что эти две последовательности
имеют высокое сходство между собой, при этом сходство с другими последовательностями очень мало.
Рис.5 Выравнивание с группой.
Для первого блока я посчитала число и процент абсолютно консервативных позиций - 10 и 52,6 %; абсолютно функционально
консервативных (соответственно раскраске ClustalX) - 6 и 31,6%; консервативных на 70% - 16 и 84,2% и функционально
консервативных на 70% - 6 и 31,6%.
Рис.6 Первый блок выравнивания.
Для самого длинного участка выравнивания, не входящего в состав блоков и кластеров число и процент позиций с гепами - 1 и 4,8%.
Я добавила одну гомологичну последовательность и вписала её вручную в исходное выравнивание. Новая последовательность
называется SYNLT.
Рис.7 Выравниваение с добавленной гомологичной последовательностью SYNLT.
Затем я добавила в выравнивание заведомо негомологичную последовательность B7JW79. Я взяла последовательность своего белка,
обрезала и попыталась выровнять. Максимальное число совпадений негомологичной последовательностями с консервативными
позициями в блоках из выравнивания - 16.8%.
Рис.8 Выравниваение с добавленной негомологичной последовательностью B7JW79.
После этого я построила множественное "выравнивание" заведомо негомологичных белков из базы данных
Uniprot. AC: D9Q2Q0; F4BY60; Q6L1N7; O67781; I0I273; A9F087. Консервативных и функционально консервативных позиций очень мало,
настоящих блоков, подходящих под наше определение, нет.
Рис.9 Выравниваение негомологичных последовательностей.