К сожалению, изображение недоступно

Филогенетическое дерево

Филогенетическое дерево бактерий

При выполнении данного практикума я работала с филогенетическим деревом нескольких бактерий. Из предложенного списка я выбрала несколько бактерий, которые можно увидеть в талице 1.

Таблица 1. Отобранные бактерии.
Название Мнемоника
Neisseria meningitidis NEIMA
Enterobacter sp. 638 ENT38
Escherichia coli ECOLI
Salmonella typhimurium SALTY
Yersinia pseudotuberculosis YERPS
Vibrio fischeri VIBFM
Haemophilus influenzae HAEIN
Pasteurella multocida PASMU

Скобочная формула дерева: (NEIMA, ((((ENT38, (ECOLI, SALTY)), YERPS), (HAEIN, PASMU)), VIBFM));

Полученное в программе MEGA, изображение дерева предстваленно на рис. 1 (имя файла для данной программы должно иметь расширение .tre).

К сожалению, изображение недоступно

Рис.1 Филогенетическое дерево выбранных бактерий.

Cписок нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев (ветвь называется нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента):

  • {ECOLI, SALTY} против {NEIMA, ENT38, YERPS, HAEIN, PASMU, VIBFM}
  • {ENT38, ECOLI, SALTY} против {NEIMA, YERPS, HAEIN, PASMU, VIBFM}
  • {ENT38, ECOLI, SALTY, YERPS} против {NEIMA, HAEIN, PASMU, VIBFM}
  • {ENT38, ECOLI, SALTY, YERPS, HAEIN, PASMU} против {NEIMA, VIBFM}
  • {HAEIN, PASMU} против {NEIMA, VIBFM, ENT38, ECOLI, SALTY, YERPS}

    • Таксономия

    Полная таксономия выбанных бактерий была получена на таксономическим сервисе NCBI и представлена в таблице 2.

    Таблица 2. Таксономия отобранных бактерий.
    Название Мнемоника Таксономия
    Neisseria meningitidis NEIMA cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria; Neisseria meningitidis
    Enterobacter sp. 638 ENT38 cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Enterobacter
    Escherichia coli ECOLI cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia; Escherichia coli
    Salmonella typhimurium SALTY cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica; Salmonella enterica subsp. enterica; Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
    Yersinia pseudotuberculosis YERPS cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex; Yersinia pseudotuberculosis
    Vibrio fischeri VIBFM cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Vibrionales; Vibrionaceae; Aliivibrio; Aliivibrio fischeri
    Haemophilus influenzae HAEIN cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus; Haemophilus influenzae
    Pasteurella multocida PASMU cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella; Pasteurella multocida

    Enterobacteriaceae Некоторые нетривиальные ветви на дереве отобранных бактерий выделяют таксоны. Например, ветвь {ENT38, ECOLI, SALTY, YERPS} против {NEIMA, HAEIN, PASMU, VIBFM} выделяет семейство Enterobacteriaceae, а ветвь {HAEIN, PASMU} против {NEIMA, VIBFM, ENT38, ECOLI, SALTY, YERPS} выделяет отряд Pasteurellales и семейство PasteurellaceaePasteurellales. Ветви {ECOLI, SALTY} против {NEIMA, ENT38, YERPS, HAEIN, PASMU, VIBFM}, {ENT38, ECOLI, SALTY} против {NEIMA, YERPS, HAEIN, PASMU, VIBFM} разбивают рода, которые содержат по одному организму из выбраных, поэтому не выделяют отдельные таксоны. Ветвь {ENT38, ECOLI, SALTY, YERPS, HAEIN, PASMU} против {NEIMA, VIBFM} в данном случае так же не выделяет отдельный таксон, так как NEIMA едиственная из выбранных бактерий относится к Betaproteobacteria, остальные к Gammaproteobacteria и делятся по отрядам внутри Gammaproteobacteria.

    Укоренение в среднюю точку

    Из-за того, что программа MEGA отказывается переукоренять деревья, построенные JalView, я воспользовалась программой retree пакета PHYLIP. Для этой программы я сохранила файл с деревом в Newick-формате в файл с именем intree и запустила retree. С помощью этой программы я сделала укоренение в среднюю точку ("Midpoint root the tree"). Изображение укорененного дерева представлено на рис. 2.

    К сожалению, изображение недоступно

    Рис.2 Филогенетическое дерево выбранных бактерий, укорененное в среднюю точку.

    Укоренение получилось таким же, его можно считать правильным, потому что оно отражет расхождение на филогенетические группы Betaproteobacteria, к которой относится NEIMA, и Gammaproteobacteria, к которой относятся все остальные.


© Князева Анастасия, 2015