.jpg)
С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST был обнаружен в БД GO белок, который наиболее похож на белок beta-lactamase domain-containing protein (белок, содержащий домен бета-лактамазы) из организма Cyanothece sp. PCC 8801: metallo-beta-lactamase family protein из организма Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901. E-value данной находки 1.4e-133. Поиск шел по аминокислотной последовательности исходного белка в формате fasta. Найденный белок достаточно похож на исходный. Выравнивание приведено на Рис. 1.
Рис. 1 Выравнивание исходного белка с лучшей находкой BLAST.
На страничке белка-находки (щелчок по названию в таблице с результатами BLAST, потом вкладка N term associations) была найдена информация для Таблицы 1 в отчете. Идентификатор Uniprot белка-находки обнаружился во вкладке Gene product information. Для кода типа достоверности, который встретился в Таблице 1, была заполнена Таблица 2.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q3ACY2 (CHY_1157)
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| Биологический процесс (Biological process) | GO:0008152 | metabolic process | метаболический процесс | ISS |
| Молекулярная функция (molecular function) | GO:0003824 | catalytic activity | каталитическая активность | ISS |
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение |
| ISS | Inferred from Sequence or structural Similarity | Данный код присвается, если аннотация создается при анализе последовательности и проверяется вручную экспертом |
Описание термина GO:0008152 (metabolic process, метаболический процесс)
Для терминов GO:0008152 и GO:0003824 нашелся только один родитель, поэтому я выбрала первый термин GO:0008152 (metabolic process, метаболический процесс). Для описания данного термина я перешла по ссылке на его страницу. Основные свойства термина GO:0008152 представлены в Таблице 3. Данные взяты с его страницы, из поля "Term information", а также из вкладки "Ancestors and children".
Таблица 3. Основные свойства термина GO:0008152 (metabolic process, метаболический процесс)
| Свойство | Значение |
| Идентификатор (Accession) | GO:0008152 |
| Название (Name) | Метаболический процесс(metabolic process) |
| Аспект онтологии (Ontology) | Биологический процесс (Biological process) |
| Синонимы (Synonyms) | Узкие синонимы: метаболический процесс, приводящий к росту клеток; метаболизм, приводящий к росту клеток (metabolic process resulting in cell growt; metabolism resulting in cell growth) точный синоним: метаболизм (metabolism) |
| Определение (Definition) | Химические реакции и пути, в том числе анаболизм и катаболизм, с помощью которых живые организмы трансформируют химические вещества. Метаболические процессы это, как правило, преобразование малых молекул, но они также включают в себя высокомолекулярные процессы, такие как репарация и репликации ДНК и синтез и деградация белка. |
| Комментарий (Comment) | Обратите внимание, что метаболические процессы не включают в себя одиночные функции или процессы, такие как белок-белковые, белок-нуклеиновые взаимодействия и взаимодействия рецептор-лиганд. |
| Число родителей (из них - логически определенных) | 1(0) |
| Число потомков (из них - логически определенных) | 16(3) |
Для получения рисунка, изображающего отношения термина GO:0008152 с его родителями, я перешла на вкладку Graph Views. Результаты представлены на Рис.1. Для данного термина с родителями есть только отношения is_a (черные стрелки на рис.1, направлены от детей к родителям). Наверху расположен главный родитель, в самом низу - исходный термин. У термина GO:0008152 есть один прямой родитель, остальные определены логически. Это иллюстрирует граф.
Рис. 2 Схема отношений термина GO:0008152 со своими родителями. Черными стрелками отмечены взаимодействия типа "is a".