A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Мисюрёва А. А. | Факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова

Задание №1

С помощью программы fiber пакета 3DNA были сгенерированы модели А-, В- и Z-форм двуцепочечной ДНК: последовательность одной из цепей - 5 повторов 'gatc'.

Ссылки на структуры .pdb

A - форма B - форма Z - форма

Задание №2: Сравнение форм ДНК (A, B, Z)

Изучалась структура В-формы ДНК (1BNA). В качестве исследуемого нуклеотида был выбран тимин с номером Т19, расположенный в B-цепи ДНК. Расстояния измерялись между атомами фосфора соответствующих нуклеотидов. Красным цветом покрашены атомы, обращенные в большую бороздку, синим - в малую бороздку.

В сторону большой бороздки обращены атомы: t19.c4, t19.c5, t19.c6, t19.c7 и t19.o4. В cторону малой бороздки обращены атомы: t19.n1, t19.n3, t19.c2 и t19.o2.

Тимин
Рисунок 1. T19 в В-форме ДНК
Параметр А-форма В-форма Z-форма
Тип спирали (правая или левая) Правая Правая Левая
Шаг спирали (Å) 28.0 33.8 43.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 17.4
(A:T7-В:G12)		 17.6
(A:С3-B:А18) 		15.5
(B:C9-A:C5)
Ширина малой бороздки 12.8
(A:C4 - B:C4) 		10.0
(A:T8-B:C21) 		8.2
(A:G6-B:G10)

Задание №3: Вторичная и третичная структура тРНК (1GAX)

В качестве структуры для исследования я выбрала транспортную РНК с PDB ID: 1GAX. В файле PDB структура представлена двумя цепями — C и D (две молекулы тРНК в асимметрической единице кристалла). С помощью команды ! remediator --old ''1GTS.pdb'' > ''1GTS_old.pdbскачанный PDB-файл был переведен в старый формат. С использованием конвейера find_pair -t 1GTS_old.pdb stdout | analyze был созданы файлы, содержашие описание различных параметров исследуемой структуры Результат выдачи конвейера для 1GAX

Номера нуклеотидов, образующих стебли во вторичной структуре

Номера оснований для Strand I цепи С: 901G-907C, 948G-954U, 938G-943A, 910G-916C

Номера пар цепи С: 1-7, 8-12, 15-20, 21-24

Неканонические пары оснований

В структуре 1GAX обнаружено 13 неканонических пар (11 уникальных типов).

  • 953U–957A
  • 954U–917G
  • 943A–925G
  • 914A–908U
  • 915G–947C
  • 916C–958G
  • 902G–970C
  • 907C–965G
  • 953U–957A
  • 954U–917G
  • 943A–925G
  • 914A–908U
  • 915G–947C

Водородные связи, стабилизирующие третичную структуру

  • 915G-947C
  • 916C-958G
  • 917G-954U
← Вернуться к списку отчётов