Задание №1
Конвейер программы einverted (пакет EMBOSS)
! einverted -sequence rna.seq -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout
| Участок структуры | Позиции в структуре по результатам find_pair |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 1-7, 29-35 | 1-7, 65-71 | 1–7, 65–71 |
| D-стебель | 8-12, 36-40 | - | 10–13, 21–24 |
| T-стебель | 15-20, 43-48 | - | 26–30, 38–42 |
| Антикодоновый стебель | 21-24, 49-52 | - | 48–52, 60–64 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 | 7 | 16 |
Задание №2
Для поэтапной визуализировации исследуемых множеств атомов и поиска возможных взаимодействий был создан скрипт-анимация в PyMol.
В качестве исследуемого ДНК-белкового комплекса была выбрана структура с PDB ID: 1D66
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| Остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 32 | 33 |
| Остатками фосфорной кислоты | 19 | 19 | 38 |
| Остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 11 | 53 | 64 |
| Остатками оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
На основании данных из таблицы можно сделать вывод, что данный белок в основном взаимодействует с ДНК специфично через азотистые основания большой бороздки, причем чаще неполярно.
Схема ДНК-белковых контактов (nucplot)
Наибольшее число указанных на схеме контактов с ДНК образует Lys18 (3 связи с ДНК) и она же, по моему мнению, является наиболее важна для распознавания последовательности, так как обеспечивает специфичное связывание с азотистыми основаниями ДНК
Так как в условии задания предлагалось сделать 2 изображения, то вторая проиллюстрированная аминокислота - Arg15: неспицифично взаимодействует с сахаро-фосфатным остовом.
