Protein name | 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating* | Acyl carrier protein | Adenine deaminase |
---|---|---|---|
ID 1 | 6PGD_ECOLI | ACP_ECOLI | ADEC_ECOLI |
ID 2 | 6PGD_BACSU | ACP_BACSU | ADEC_BACSU |
Score | 1718.0 | 216.0 | 853.5 |
% Identity | 70.0% | 60.3% | 34.7% |
% Similarity | 83.4% | 71.8% | 52.8% |
Gaps | 3 | 1 | 39 |
Indels | 3 | 1 | 14 |
*: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP(+)-dependent, decarboxylating для 6PGD_BACSU
Protein name | 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | Acyl carrier protein | Adenine deaminase |
---|---|---|---|
ID 1 | 6PGD_ECOLI | ACP_ECOLI | ADEC_ECOLI |
ID 2 | 6PGD_BACSU | ACP_BACSU | ADEC_BACSU |
Score | 1719.0 | 216.0 | 858.5 |
% Identity | 70.1% | 61.0% | 36.3% |
% Similarity | 83.6% | 72.7% | 54.9% |
Gaps | 3 | 0 | 25 |
Indels | 3 | 0 | 12 |
Coverage 1 | 99.8% | 98.7% | 99.5% |
Coverage 2 | 99.8% | 100.0% | 96.9% |
Protein 1 name | 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
---|---|
ID 1 | 6PGD_ECOLI |
Protein 2 name | Adenine deaminase |
ID 2 | ADEC_BACSU |
Score | 42.5 |
% Identity | 6.9% |
% Similarity | 12.9% |
Gaps | 633 |
Indels | 22 |
Protein 1 name | 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
---|---|
ID 1 | 6PGD_ECOLI |
Protein 2 name | Adenine deaminase |
ID 2 | ADEC_BACSU |
Score | 55.0 |
% Identity | 22.7% |
% Similarity | 34.0% |
Gaps | 67 |
Indels | 13 |
Coverage 1 | 47.2% |
Coverage 2 | 35.7% |
Видно отсутствие гомологии между белками: Score, Identity и Similarity очень низки, присутствует множество инделей, сколько-нибудь длинных идентичных участков не наблюдается.
Для множественного выравнивания был взят белок с мнемоникой функции ADEC (Adenine deaminase). В SwissProt нашлось 122 таких белка. Помимо ADEC_ECOLI и ADEC_BACSU были выбраны адениндеаминазы Desulfovibrio vulgaris (ADEC_DESVH), Shigella flexneri (ADEC_SHIFL), Serratia proteamaculans (ADEC_SERP5), Salinibacter ruber (ADEC_SALRD) и Clostridium botulinum (ADEC_CLOBL).
Выравнивание проводилось в Jalview программой Muscle после применения функции Fetch sequences.
Ссылка на проект Jalview с выравниванием
Хорошо видно консервативные участки, например, в позициях 89-101, вероятно, важные для структуры и/или катализа.