Учебный Сайт Николая Николаева

Выравнивания последовательностей

1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков.
Protein name6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating*Acyl carrier proteinAdenine deaminase
ID 16PGD_ECOLIACP_ECOLIADEC_ECOLI
ID 26PGD_BACSUACP_BACSUADEC_BACSU
Score1718.0216.0853.5
% Identity70.0%60.3%34.7%
% Similarity83.4%71.8%52.8%
Gaps3139
Indels3114

*: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP(+)-dependent, decarboxylating для 6PGD_BACSU

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 2. Локальное парное выравнивание негомологичных белков.
Protein name6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylatingAcyl carrier proteinAdenine deaminase
ID 16PGD_ECOLIACP_ECOLIADEC_ECOLI
ID 26PGD_BACSUACP_BACSUADEC_BACSU
Score1719.0216.0858.5
% Identity70.1%61.0%36.3%
% Similarity83.6%72.7%54.9%
Gaps3025
Indels3012
Coverage 199.8%98.7%99.5%
Coverage 299.8%100.0%96.9%

3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Таблица 3. Глобальное парное выравнивание негомологичных белков.
Protein 1 name6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
ID 16PGD_ECOLI
Protein 2 nameAdenine deaminase
ID 2ADEC_BACSU
Score42.5
% Identity6.9%
% Similarity12.9%
Gaps633
Indels22
Таблица 4. Локальное парное выравнивание негомологичных белков.
Protein 1 name6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
ID 16PGD_ECOLI
Protein 2 nameAdenine deaminase
ID 2ADEC_BACSU
Score55.0
% Identity22.7%
% Similarity34.0%
Gaps67
Indels13
Coverage 147.2%
Coverage 235.7%

Видно отсутствие гомологии между белками: Score, Identity и Similarity очень низки, присутствует множество инделей, сколько-нибудь длинных идентичных участков не наблюдается.

4. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Для множественного выравнивания был взят белок с мнемоникой функции ADEC (Adenine deaminase). В SwissProt нашлось 122 таких белка. Помимо ADEC_ECOLI и ADEC_BACSU были выбраны адениндеаминазы Desulfovibrio vulgaris (ADEC_DESVH), Shigella flexneri (ADEC_SHIFL), Serratia proteamaculans (ADEC_SERP5), Salinibacter ruber (ADEC_SALRD) и Clostridium botulinum (ADEC_CLOBL).

Выравнивание проводилось в Jalview программой Muscle после применения функции Fetch sequences.

Ссылка на проект Jalview с выравниванием

Хорошо видно консервативные участки, например, в позициях 89-101, вероятно, важные для структуры и/или катализа.