Учебный Сайт Николая Николаева

Визуализация молекул в JMol

Таблица 1. Определение типичной длины и угла водородной связи в различных элементах вторичной структуры.

№	Связь	Длина, Å	Угол N—H—O, °
Альфа-спирали
1	N(014Glu)-O(010Ser)	2.92	158.3
2	N(208Leu)-O(204Val)	2.94	158.0
3	N(297Val)-O(293Pro)	3.06	166.2
В среднем		2.97	160.8
Бета-листы
1	N(173Ala)-O(165Met)	2.93	167.5
2	N(115Leu)-O(148Val)	3.13	158.3
3	N(035Val)-O(032Leu)	3.11	164.4
В среднем		3.06	163.4

Значения, полученные при анализе структуры белка, лежат в пределах нормы: водородная связь в белке, как правило, имеет длину около 2.8-3.0 Å (Karle, I. L. (1999). Hydrogen bonds in molecular assemblies of natural, synthetic and “designer” peptides. Journal of Molecular Structure, 474(1-3), 103–112.) и угол около 160° (Taylor, R., Kennard, O., & Versichel, W. (1984). The geometry of the N–H...O=C hydrogen bond. 3. Hydrogen-bond distances and angles. Acta Crystallographica Section B Structural Science, 40(3), 280–288.)