Учебный Сайт Николая Николаева
UniProt
Ссылка на запись в UniProtВВЕДЕНИЕ
Исследуемый белок - TarD, тартратдегидратаза (КФ 4.2.1.81) - фермент, катализирующий с участием иона Mg2+ превращение D-тартрата в енольный таутомер оксалоацетата; вероятнее всего, в клетке формирует гомооктамер из четырёх димеров.1
Белок был выделен из Bradyrhizobium diazoefficiens - грамотрицательной палочковидной азотфиксирующей альфа-протеобактерии2. Она является одним из важнейших симбионтов сои, а также других бобовых; используется по всему миру в коммерческих инокулятах, вносимых в почву3.
Белок является референсным (и единственным из SwissProt) в кластерах UniRef100, 90 и 50. Нигде не является сидом, т.е. есть записи о более длинных белках. Кластер UniRef90 состоит из 8 белков (записей UniProtKB) бактерий рода Bradyrhizobium, UniRef50-961 белков бактерий различной таксономической принадлежности.
ИНФОРМАЦИЯ О БЕЛКЕ ИЗ UNIPROT
| Раздел UniProtKB | Swiss-Prot |
| UniProt ID | TARD_BRADU |
| UniProt AC | Q89FH0 |
| EMBL AC нуклеотидной записи | BA000040 |
| PDB ID* | 1TZZ, 2DW6, 2DW7 |
| Длина | 389 амк |
| Молекулярная масса | 43058 Да |
| Рекомендуеме название | D(-)-tartrate dehydratase |
ПОИСК В UNIPROTKB
| Запрос | Описание |
|---|---|
| database:(type:pfam mr_mle_c) organism:"bradyrhizobium diazoefficiens" | Поиск представителей того же семейства белков у бактерии |
| annotation:(type:"catalytic activity" rhea:18289) NOT organism:"bradyrhizobium diazoefficiens" | Белки, катализирующие ту же реакцию, в других организмах |
| database:(type:geneid 46493704) NOT id:Q89FH0 | Проверка отсутствия записей о других продуктах гена |
| annotation:(type:kinetic "kcat is 7 3 sec -1") | Поиск ферментов с идентичной kcat |
| keyword:"Magnesium [KW-0460]" (annotation:(type:subunit homooctamer) OR annotation:(type:subunit heterooctamer)) | Октамеры, связанные с магнием |
СРАВНЕНИЕ ПРОТЕОМОВ
| Организм | Bradyrhizobium diazoefficiens | Bradyrhizobium sp. strain ORS278 |
|---|---|---|
| ID протеома | UP000002526 | UP000001994 |
| Белков | 8253 | 6701 |
| Из них в SwissProt** | 664 (0.08) | 324 (0.05) |
| Трансмембранных белков | 1574 (0.19) | 1362 (0.20) |
| Ферментов | 1002 (0.12) | 1889 (0.28) |
| Белков, вовлечённых в образование клубеньков | 94 (0.011) | 66 (0.010) |
Для сравнения протеомов в качестве референсного был выбран протеом Bradyrhizobium sp. штамма ORS 278, формирующих клубеньки на бобовых рода Aeschynomene, часто тропических и водных; по сравнению с протеомами других клубеньковых бактерий данный довольно подробно исследован и, несмотря на родство, отличается от протеома B. diazoefficiens
Интересно значительно большее количество ферментов в протеоме этой бактерии - их доля почти в два с половиной раза больше, чем у B. diazoefficiens. При этом ферментов в SwissProt, напротив, меньше - 204 против 403. Исходя из этого, разница в количестве ферментов может по крайней мере частично объясняться меньшей изученностью ферментов Bradyrhizobium sp. ORS278 и наличием большего числа потенциальных белков.
Доля трансмембранных белков в протеомах практически идентична.
В связи с важной ролью B. diazoefficiens в хозяйстве как симбионта, были сравнены доли белков, участвующих в клубенькообразовании, которая оказалась у исследуемой бактерии незначительно больше, чем вреференсном протеоме.
ИСТОЧНИКИ
- Yew WS, Fedorov AA, Fedorov EV, Wood BM, Almo SC, Gerlt JA. Evolution of Enzymatic Activities in the Enolase Superfamily: d -Tartrate Dehydratase from Bradyrhizobium japonicum. Biochemistry. декабрь 2006 г.;45(49):14598–608.
- Reimer LC, Sarda Carbasse J, Koblitz J, Podstawka A, Overmann J. Bradyrhizobium diazoefficiens. [BacDrive] DSMZ; 2020.
- Delamuta JRM, Ribeiro RA, Ormeño-Orrillo E, Melo IS, Martínez-Romero E, Hungria M. Polyphasic evidence supporting the reclassification of Bradyrhizobium japonicum group Ia strains as Bradyrhizobium diazoefficiens sp. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 1 сентября 2013 г.;63(Pt_9):3342–51.