Учебный Сайт Николая Николаева

Файлы TruSeq3-SE.fa и TruSeq2-SE.fa из папки adapters были скопированы в рабочую директорию и объединены в файл TruSeq-SE.fa.

Геном собирался следующей последовательностью программ:

1. • java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE SRR*fastq.gz trim1.fastq.gz ILLUMINACLIP:./TruSeq-SE.fa:2:7:7 &> trim1.log
   • java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE trim1.fastq.gz trim2.fastq.gz MINLEN:32 TRAILING:20 &> trim2.log
2. velveth . 31 -short -fastq trim2.fastq.gz &> velveth.log
3. velvetg . -scaffolding no &> velvetg.log

После первого запуска trimmomatic отбросил 97710 (1.87%) чтений - они оказались остатками адаптеров.
После второго запуска было удалено 75915 (1.48%) чтений; размер файла уменьшился с 110.8 мб (trim1.fq.gz) до 106.8 мб (trim2.fq.gz).

N50 сборки - 12382, среднее покрытие - 25.77. Список контигов, их длин и покрытий, а также вычисление среднего покрытия доступны в таблице contigs-info.xlsx

• Самые длинные контиги: Node_3 (длина: 25915, покрытие: 27.42); Node_20 (длина: 23850, покрытие: 24.78); Node_22 (длина: 23807, покрытие: 25.75)$
• Контиг с аномально высоким покрытием: Node_55 (длина: 934, покрытие: 130.49);
• Некоторые контиги с аномально низким покрытием: Node_228 (длина: 62, покрытие: 2.42); Node_106 (длина: 80, покрытие: 2.70).

Анализ сборки.

Контиги Node_3. Node_20 и Node_22 были выровнены на готовый геном с помощью megablast. Для каждого из них лишь одно выравнивание прошло порог E-value 0.05. Каждое имеет характеристики, позволяющие с высокой долей уверенности утверждать, что контиги найдены на хромосоме правильно (см. Табл.1).