Учебный Сайт Николая Николаева

Назад на страницу семестра

A- и В- формы ДНК. Структура РНК.

Задание 1.

Ссылки на структуры ДНК, полученные с помощью fiber:
gatc-a.pdb
gatc-b.pdb
gatc-z.pdb
gatc-z.pdb содержит структуру ДНК, последовательность одной из цепей которой представляет собой 5 раз повторённую последовательность GC.

Задание 2.

Таблица 1. Характеристики различных структур ДНК.
A-формаB-формаZ-форма*
Тип спирали (правая или левая)ПраваяПраваяЛевая
Шаг спирали (Å)293443,5
Число оснований на виток111012
Ширина большой бороздки (Å)16 (от [DT]7:A.P до [DC]10:B.P)18 (от [DT]7:A.P до [DG]16:B.P)11,7** (от [DG]17:B.C1' до [DC]4:A.C1')
Ширина малой бороздки (Å)12 (от [DT]7:A.P до [DC]3:B.P)11 (от [DT]7:A.P до [DG]22:B.P)7,2 (от [DG]7:A.P до [DG]17:B.P)
*: Из-за небольшого размера фрагмента Z-ДНК с экспериментально определённой структурой параметры данной формы определялись для gatc-z.pdb.
**: Определение ширины большой бороздки затруднительно из-за её слабой выраженности.

Рассматривалось основание на цепи A A-ДНК.

В сторону малой бороздки обращены атомы t7.n1, t7.c2, t7.o2, t7.n3;

В сторону большой бороздки обращены атомы t7.c4, t7.o4, t7.c5, t7.c6, t7.c7.

Рис. 1. Атомы основания, обращённые в сторону малой (синим) и большой (красным) бороздок.

Задание 3, Упр. 2.

Структура тРНК анализировалась с помощью программ find_pair и затем analyze. Информация о водородных связях доступна по ссылке.

Стебли тРНК:

  • 2-7 : 71-66
  • 10-12 : 25-23
  • 37-44 : 33-26
  • 49-55 : 65-58

Неканоническое пары оснований:

  • 54U-58A
  • 55U-18G
  • 37A-33U
  • 38U-32U
  • 44C-26A
  • 13A-45A
  • 14A-8U
  • 15G-48C

Дополнительные пары, не относящиеся к стеблям:

  1. 13A-45A
  2. 14A-8U
  3. 15G-48C
  4. 55U-18G
  5. 19G-56C

Пара 5 изолирована от остальных.