Учебный Сайт Николая Николаева
Назад на страницу семестра
Комплексы ДНК-белок.
Задание 1.
Для программы einverted использовались следующие параметры:- Gap penalty: 3
- Minimum score threshold: 9
- Match score: 5
- Mismatch score: -4
В файле PDB нумерация нкулеотидов начинается с 2, здесь - c 1.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 5'-1-6-3'; 5'-65-70-3' (6 пар) | 5 пар | 6 пар |
| D-стебель | 5'-9-11-3'; 5'-22-24-3' (3 пары) | 0 пар | 3 пары |
| T-стебель | 5'-36-43-3'; 5'-25-32-3' (8 пар) | 5 пар | 5 пар |
| Антикодоновый стебель | 5'-48-54-3'; 5'-64-57-3' (7 пар) | 0 пар | 5 пар |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 пар | 10 пар | 19 пар |
Задание 2.
Упражнение 1.
Jmol-скрипт для демонстрации требуемых множеств атомов.Упражнение 2.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 9 | 53 | 62 |
| остатками фосфорной кислоты | 38 | 45 | 83 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 5 | 20 | 25 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 6 | 3 | 9 |
Наибольший вклад в связь с белком вносят сахарофосфатный остов и большая бороздка, которая также обеспечивает специфичность связывания.
Упражнения 3, 4.
Из схемы (рис.2) видно, что наибольшее число контактов образует Lys79 - программа выделяет 4 взаимодействия с фосфатными группами ДНК (рис.3).
Lys25 и Asn81 оба имеют 2 контакта с азотистыми основаниями, однако, в то время как первый контактирует с атомами малой бороздки, второй делает это с атомами большой (рис.4), что даёт основания считать его наиболее важным аминокислотным остатком для узнавания белком последовательности ДНК.
