Учебный Сайт Николая Николаева

Назад на страницу семестра

Секвенирование по Сэнгеру.

1.

Прямая хроматограмма
Обратная хроматограмма
Консенсусная последовательность
Выравнивание хроматограмм

Для просмотра хроматограмм использовалась программа UGENE.

Таблица 1.Характеристика хроматограмм.
Хроматограмма18_F.ab118_R.ab1
Длина начального нечитаемого участка6571
Длина конечного нечитаемого участка4 (проблемные нуклеотиды с 39-го с конца)0
Доля шума от величины сигнала в середине хроматограммы17%12%

Шум сильнее всего в начале и конце каждой хроматограммы.

Некоторые проблемные нуклеотиды:

Рис. 1. Пятно краски на прямой хроматограмме. Позиции 105-113 восстановлены по обратной.
Рис. 2. Пятно краски на обратной хроматограмме. Позиции 582-584 восстановлены по обратной.
Рис. 3. Base caller не определил нуклеотид 120 на прямой хроматограмме. Определён по обратной.
Рис. 4. То же; нуклетоид 127.

2.

Рис. 5. Нечитаемая хроматограмма (свой собственный файл, открыт в SnapGene Viewer). Праймер отжёгся в двух местах - пики двоятся, причём на всём протяжении хроматограммы.