Учебный Сайт Николая Николаева
Назад на страницу семестра
Базы данных: GO, KEGG, Reactome, STRING, Human Protein Atlas и др.
В данной работе анализировались особенности экспрессии гена SYCE2 (Synaptonemal complex central element protein 2) с помощью Human Protein Atlas. Было выяснено, в каких органах и клеточных линиях экспрессируется этот ген, а также его роль в качестве прогностического фактора при раке.
Органы, в которых экспрессируется SYCE2.
Как видно из названия, белок SYCE2 является элементом синаптонемного комплекса и участвует в мейозе. Поэтому логично ожидать его экспрессию в клетках половой линии. Интересно, однако, что присутствие белка выявлено лишь в мужской репродуктивной системе (см. Рис. 1). мРНК в сравнительно небольших количествах обнаружена в различных тканях; больше всего (кроме мужской репродуктивной системы) - в костном мозге и печени (см. Рис. 2).
Клеточные линии с наибольшей экспрессией SYCE2.
мРНК SYCE2 наблюдается во всех приведённых в HPA клеточных линиях. Наибольшая доля этой мРНК была обнаружена в лимфоидных линиях (напр., JURKAT) и опухолях женской половой системы (напр., SiHa) (10-12 nTPM; см. Рис. 3). Экспрессия в клетках тератомы яичек SuSa оказалась значительно меньшей (1 nTPM).
SYCE2 как прогностический маркер при раке.
Экспрессия SYCE2 связана с выживаемостью больных раком шейки матки и раком эндометрия. Для первых высокая экспрессия гена связана с благоприятным прогнозом (более высокими шансами на выживание), для вторых, напротив, с низким (см. Рис 4, 5).
Интересно, что, по данным HPA, для обоих заболеваний иммуногистохимическое окрашивание не выявило присутствия в раковых клетках белка SYCE2.