Учебный Сайт Николая Николаева
Назад на страницу семестра
Трансмембранные белки.
1. Знакомство с базой данных OPM.
В ОРМ рассматривался белок FPTA_PSEAE (Fe(III)-pyochelin receptor FptA; рецептор Fe(III)-фиохелина FptA; PDB ID 1xkw).
- Толщина гидрофобной части белка в мембране: 24.8 Å;
- Трансмембранные участки: 1(187-196),2(200-209),3(217-226),4(239-248),5(254-263),6(303-312),7(317-325),8(364-373),9(380-388),10(438-446),11(451-459),12(477-486),13(491-498),14(522-531),15(536-543),16(576-584),17(589-596),18(623-630),19(638-646),20(666-674),21(679-686),22(711-719);
- Среднее количество остатков в одном β-тяже белка: 8.18;
- В какой мембране находится белок: внешняя мембрана грам-отрицательной бактерии Pseudomonas aeruginosa.
2. DeepTMHMM: Предсказание трансмембранных элементов по последовательности белка.
Выданный альфа-спиральный белок - YEIB_ECOLI - неохарактеризованный белок YeiB Escherichia coli.
Текстовая выдача в формате GFF3
Текстовая выдача в формате 3LINE
3. PPM: Предсказание положения выданного белка в мембране.
Поскольку белок вовлечён в транспорт (как указано на странице в UniProt), он, скорее всего, расположен в наружной мембране. Из предсказания DeepTMHMM известно, что N-конец находится в периплазме. Гетероатомы учитывались для получения более точного предсказания. Для остальных параметров были оставлены значения по умолчанию.
- Толщина гидрофобной части белка в мембране: 26.1 ± 0.9 Å;
- Трансмембранные участки: 1( 9- 27), 2( 48- 70), 3( 86- 104), 4( 105- 118), 5( 133- 152), 6( 186- 211), 7( 233- 252), 8( 263- 282), 9( 307- 326),10( 334- 355);
- Среднее количество остатков в одной трансмембранной альфа-спирали: 19.30.
4. Сравнение алгоритмов предсказания трансмембранных спиралей.
Интересно, что и DeepTMHMM, и PPM предсказывают пересечение белком мембраны 10 раз, в то время как запись в UniProt содержит информацию лишь о 9 трансмембранных участках. Это связано с тем, что аминокислотные остатки 104 и 105, по всей видимости, расположены вплотную к наружной стороне мембраны и поэтому определяются в предсказаниях как принадлежащие разным трансмембранным участкам.
Сравнивая выдачу DeepTMHMM и PPM, можно заключить, что качественно они не различаются.
5. База данных TCDB.
Для обоих белков есть записи в TCDB. Разъяснение TC-кодов:
- YEIB_ECOLI: 9.B.169.1.2: Предположительные транспортные белки; внутримембранные белки семейства YeiB или DUF418.
- FPTA_PSEAE: 1.B.14.1.8: бета-бочонковые порины; семейство рецепторов наружной мембраны (OMR).