In [ ]:
#скачаем файлы
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/lipid.itp
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/dppc.itp
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/dppc.gro
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/b.top
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/em.mdp
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/pr.mdp
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/bilayer/md.mdp
В качестве системы для моделирования было выбрано моделирование самосборки липидного бислоя
In [ ]:
#на основе одного липида создадим ячейку с 64 липидами
genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4
#с помощью editconf преобразуем dppc.gro и b_64.gro в pdb-файлы
editconf -f b_64.gro -o b_64.pdb
#меняем параметр на 64 в b.top (руками открываем и меняем 64 на 34 в текстовом редакторе)
#Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, чтобы добавить примерно 2500 молекул воды.
editconf -f b_64.gro -o b_ec -d 0.5
# Проведём оптимизацию геометрии системы, чтобы удалить "плохие" контакты молекул
grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2
mdrun -deffnm b_em -v
# изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии
#в начале: 4.37970e+05, в конце: 6.1937860e+02 on atom 915
#Добавим в ячейку молекулы воды типа spc
genbox -cp b_em -p b -cs spc216 -o b_s
#Проведем "утряску" воды (обошлось без "взрыва системы")
grompp -f em -c b_s -p b -o b_empr -maxwarn 1
mdrun -deffnm b_empr -v
#копируем файлы на суперкомпьютер
cd ..
scp -r ./Panova lom:_scratch/fbb
#запускаю тестовое моделирование на суперкомпьютере
ssh lom
cd _scratch/fbb/Panova
cp /home/users/golovin/progs/share/gromacs/top/residuetypes.dat .
grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1
sbatch -n 4 -e error.log -o output.log -t 5 -p test impi /opt/ccoe/gromacs-5.0.4/build/bin/gmx_mpi mdrun -testverlet -deffnm b_md -v
покажем картинки до и после "утряски" воды
In [1]:
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]
import pymol
from pymol import cmd,stored
import IPython
pymol.finish_launching()
In [2]:
cmd.bg_color("white")
cmd.load("b_s.pdb")
In [9]:
cmd.png(filename='doutr.png',width='10cm',dpi=300,ray=1)
In [10]:
IPython.display.Image("doutr.png", retina = True)
Out[10]:
Рис1. Система до утряски воды
In [11]:
cmd.bg_color("white")
cmd.load("b_pr.pdb")
In [12]:
cmd.png(filename='posleutr.png',width='10cm',dpi=300,ray=1)
In [13]:
IPython.display.Image("posleutr.png", retina = True)
Out[13]:
Рис2. Система после утряски воды
после утряски липидные хвосты стали менее упорядочены
основное моделирование было запущено на суперкомпьютере "Ломоносов"
In [ ]:
sbatch -N1 --ntasks-per-node=2 -e error-gpu.log -o output.log -t 350 -p gpu impi /opt/ccoe/gromacs-5.0.4/build/bin/gmx_mpi mdrun -testverlet -deffnm b_md -v