На этой страничке представлена модель белка Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain и информация о длинах и N-H-O углах водородных связей в альфа-спиралях и бета-листах.
Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain - макродомен, который вызывает вирусное заболевание, нарушая врожденный иммунитет инфецированного SARS-CoV-2 организма за счет своей моногидролазной активности. Изучение этого белка - важный шаг в борьбе с эпидемией SARS-CoV-21.
| Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (°) |
|---|---|---|
| Альфа-спирали | ||
| N(114GLU)-O(110LYS) | 2.91 | 147.0 |
| N(70ALA)-O(66ASP) | 2.98 | 147.3 |
| N(138HIS)-O(135ASP) | 2.94 | 150.4 |
| Срднее значение | 2.94 | 148.2 |
| Бета-тяжи | ||
| N(94HIS)-O(81CYS) | 2.86 | 153.49 |
| N(83LEU)-O(92CYS) | 2.91 | 153.5 |
| N(93LEU)-O(35VAL) | 2.94 | 145.0 |
| Среднее значение | 2.9 | 150.33 |
Из произведенных вычислений можно сделать выводы о длинах водородных связей и об угле между элементами, образующими её.
Длина водородной связи как в альфа-спирали, так и в бета-листе составляет около 3Å. Получившиеся результаты совпадают с длинами водородных связей, взятыми из источника2.
Среднее значение углов N-H-O для альфа-спирали составляет 148.2°, для бета-листа - 150.3°. Эти значения близки к 150°, что соответствует информации, взятой из литературы3.
1)Brosey, C.A., Houl, J.H., Katsonis, P., Balapiti-Modarage, L.P.F., Bommagani,S., Arvai, A., Moiani, D., Bacolla, A., Link, T., Warden, L.S., Lichtarge, O., Jones, D.E., Ahmed, Z.,Tainer, J.A., Targeting SARS-CoV-2 Nsp3 macrodomain structure with insights from human poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) structures with inhibitors, Progress in Biophysics and Molecular Biology(2021), ссылка.
2)Информация о длине водородных связей: Proteopedia.
3)Hubbard, R.E., Kamran Haider, M., Hydrogen Bonds in Proteins: Role and Strength, 2010, ссылка.