Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

Название	Мнемоника
Bifidobacterium longum	BIFLO
Clavibacter michiganensis	CLAMS
Corynebacterium diphtheriae	CORDI
Leifsonia xyli	LEIXX
Mycobacterium tuberculosis	MYCTU
Rubrobacter xylanophilus	RUBXD
Streptomyces avermitilis	STRAW
Thermobifida fusca	THEFY

Скобочная формула дерева

(((((CLAMS, LEIXX), BIFLO), (STRAW, THEFY)), (MYCTU, CORDI)), RUBXD);

Изображение дерева

Ветви дерева

Дерево содержит такие нетривиальные ветви:

1. {LEIXX, CLAMS} против {BIFLO, THEFY, STRAW, MYCTU, CORDI, RUBXD};

2. {STRAW, THEFY} против {RUBXD, CORDI, MYCTU, BIFLO, LEIXX, CLAMS};

3. {CORDI, MYCTU} против {RUBXD, STRAW, THEFY, BIFLO, LEIXX, CLAMS};

4. {BIFLO, LEIXX, CLAMS} против {RUBXD, CORDI, MYCTU, STRAW, THEFY};

5. {RUBXD, CORDI, MYCTU} против {STRAW, THEFY, BIFLO, LEIXX, CLAMS}.

Реконструкция филогении

Все бактерии относятся к классу Actinomycetia, поэтому для определения ветвей, объединенных одном таксоном, были рассмотрены таксоны ниже класса (табл. 1).

Табл. 1. Таксономия бактерий

Мнемоника	Род	Семейство	Порядок
CLAMS	Clavibacter	Microbacteriaceae	Micrococcales
LEIXX	Leifsonia	Microbacteriaceae	Micrococcales
BIFLO	Bifidobacterium	Bifidobacteriaceae	Bifidobacteriales
STRAW	Streptomyces	Streptomycetaceae	Streptomycetales
THEFY	Thermobifida	Nocardiopsaceae	Streptosporangiales
MYCTU	Mycobacterium	Micobacteriaceae	Corynebacteriales
CORDI	Corynebacterium	Corynebacteriaceae	Corynebacteriales
RUBXD	Rubrobacter	Rubrobacteraceae	Rubrobacteria

Таксоны, выделяющие нетривиальные ветви

{CLAMS, LEIXX} - Micrococcales

{MYCTU, CORDI} - Corynebacteriales

Интересно, что бактерии с мнемоникой CLAMS, LEIXX и MYCTU объединены в одно семейство, но в филогенетическом дереве вынесены в разные ветви. При этом MYCTU объединена в одну нетривиальную ветвь с CORDI, хотя их объединяет только порядок.

Update

Бактерия MYCTU относится к семейству Micobacteriaceae, а не Microbacteriaceae, так что её объединение с одну ветвь с CORDI полностью обоснованно.