Таблица 1.Глобальное парное выравнивание белков Escherichia coli и Bacillus subtilis
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score % | Identity % | Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Multifunctional CCA protein | CCA_ECOLI | CCA_BACSU | 213,5 | 22,6% | 37,5% | 126 | 23 |
| Acyl carrier protein | ACP_ECOLI | ACP_BACSU | 216,0 | 60,3% | 71,8% | 1 | 1 |
| GTPase Der | DER_ECOLI | DER_BACSU | 824,0 | 36,1% | 56,2% | 60 | 7 |
Таблица 2.Локальное парное выравнивание белков Escherichia coli и Bacillus subtilis
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score % | Identity % | Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Multifunctional CCA protein | CCA_ECOLI | CCA_BACSU | 223,0 | 24,8% | 41,5% | 87 | 21 | 90,3% | >89,4% |
| Acyl carrier protein | ACP_ECOLI | ACP_BACSU | 216,0 | 61,0% | 72,7% | 0 | 0 | 98,7% | >100,0% |
| GTPase Der | DER_ECOLI | DER_BACSU | 831,5 | 38,7% | 60,2% | 30 | 3 | 92,5% | >97,9% |
Таблица 3.Глобальное парное выравнивание негомологичных белков Escherichia coli и Bacillus subtilis
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score % | Identity % | Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transcriptional activatory protein CaiF/Cell shape-determining protein Mbl | CAIF_ECOLI | MBL_BACSU | 17,0 | 5.7% | 10,8% | 312 | 15 |
Таблица 4.Локальное парное выравнивание негомологичынх белков Escherichia coli и Bacillus subtilis
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score % | Identity % | Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Transcriptional activatory protein CaiF/Cell shape-determining protein Mbl | CAIF_ECOLI | MBL_BACSU | 38,0 | 23,2% | 40,6% | 14 | 4 | 45,8% | >19,2% |
Результаты, представленные в таблицах 3 и 4, были получены при выполнении программ выравнивания к неродственным белкам Escherichia coli и Bacillus subtilis. Таким образом, видно, что белок, определяющий форму клеток, Mbl и белок, активирующий транскрипцию, CaiF нисколько не родственны, так как процент идентичности их полных последовательностей составляет 5,7% , а вес выранивания - всего лишь 17,0. Благодаря программе water были произведены сравнительные расчеты более гомологичных участков полипептида, поэтому процент идентичности более близких последовательностей аминоксилот составил 23,2%, а вес выравнивания - 38,0. Исходя из вышеперечисленных фактов, можно сделать вывод о том, что данное выранивание не имеет никакого предназначения и смысла в целом, так как данные белки оказались нисколько не гомологичны, тем более проценты покрытия этих последовательнотей ничтожно малы: 19,2% и 45,8%.
Мнемоника DER была выбрана для множественного выранивания. Помимо белков Escherichia coli и Bacillus subtilis были взяты белки Salmonella typhimurium(der_salty), Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar Lai(der_lepin), Clostridium botulinum(der_cloba), Chlamydia trachomatis serovar A(der_chlta), Kosmotoga olearia(der_kosot). С помощью команды infoseq 'sw:DER_*' -only -name -nohead -out der.txt был получен список организмов с мнемоникой der. Выранивание было осуществлено с помощью Align и программы Muscle with Defaults. Трудно предположить,что данные белки гомологичны, так как существует очень мало участков, на которых все семь последовательностей идентичны. Однако есть участки, на которых эти последовательности гомологичны: 36,37,39-43,46,47,296-300,317-320. Ссылка на выраванивание в JalView:
Protein alignment