Нуклеотидные банки данных
Задание 1. Описание сборки генома эукариотического организма.
Жираф(Giraffa camelopardalis) является одним из самых высоких животных планеты. Обитает в саваннах Африки. Отличительная особенность жирафа - это, конечно, длина его шеи, хотя как и у всех млекопитающих, у них лишь семь шейных позвонков. Интересно, что рисунок на шерсти жирафа индивидуален, например, как отпечатки пальцев у человека. Известно 6 подвидов жирафов.
Таблица 1. Информация о сборке генома жирафа.
| Assembly name (сборка) | GFE |
| RefSeq | n/a |
| Assembly level (уровень сборки) | Scaffold |
| Длина последовательности | 2,473,180,627 |
| Число скэффолдов | 78,945 |
| N50 скэффолдов | 3,153,258 | L50 скэффолдов | 221 | Число контигов | 253,969 | N50 контигов | 25,056 | L50 контигов | 29,026 | PubMed | DOI: 10.1038/ncomms11519 | Ссылка на контиг | SJXV01000001.1 |
Задание 2. Последовательность CDS одного из прокариотических вирусов.
Для выполнения работы был выполнен поиск в NCBI: (("Siphoviridae"[Organism]) AND 00000040000[SLEN] : 00000050000[SLEN]) AND (complete[All Fields] AND genome[All Fields]). Полуичлось 2810 полных геномов различных вирусов семейства Siphoviridae. Количество находок GenBank: 2,068, RefSeq: 661. Я выбрала геном Mycobacterium phage Brujita.
Таблица 2. Информация о сборке генома вируса.
| AC | FJ168659 |
| Название, TaxID | 561996 |
| Тип генома | DNA linear |
| Хозяин вируса | Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium tuberculosis |
| Cсылка на файл .fasta с участками генома, предположительно кодирующими белки (CDS) | fasta файл |
ДНК у данного вируса - двуцепочечная. Файл с участками генома, кодирующими белки, был получен в следующей последовательности: Send to Coding sequences, FASTA Nucleotide, Create file. Формат файла был вручную изменен с .txt на .fasta.
Задание 3. Описание пяти ключей, используемых в таблице локальных особенностей.
Таблица 3. Feature keys
| Ключ | Описание | Пример | AC |
|---|---|---|---|
| STS | Sequence tagged site. Последовательность ДНК небольшого размера, которая была получена с помощью ПЦР. Расположение генома можно построить по порядку расположения STS | STS 370143..370951 /standard_name="Xba14" /db_xref="UniSTS:470777" | NC_006685.1 |
| ncRNA | Ген, не кодирующий белок. Результатам транскрипиции является не тРНК и не рРНК. | ncRNA /ncRNA_class="lncRNA" /gene="COL18A1-AS2" /product="COL18A1 antisense RNA 2" /transcript_id="NR_052004.1" /db_xref="GeneID:100874236" /db_xref="HGNC:HGNC:40155" 3358..3363 | NC_000002.12 |
| mRNA | Информационная РНК; включает 5'не транслируемую область (5'UTR), кодирующие последовательности (CDS, экзон) и 3'-нетранслируемая область (3'UTR);. | complement(67265..67390) /gene="ssrA" | NC_006685.1 |
| rep_origin | Обозначает участок последовательности, на котором происходит начало репликации. | 5160..5191 /note="region of light strand origin of replication" | V00711.1 |
| misc_RNA | Любые транскрипты, которые не подходят под определения других feature keys для РНК(prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5'UTR, 3'UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide, mat_peptide, intron, polyA_site, ncRNA, rRNA and tRNA). | join(539636..540073,540849..540956,541819..543839) /gene="LOC107971886" /product="uncharacterized LOC107971886, transcript variant X3" /note="Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 1 mRNA, 1 EST, and 75% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments" /transcript_id="XR_001714724.1" /db_xref="GeneID:107971886" | NR_052004.1 |