Визуализация молекул в Jmol

Structure of Acylenzyme complex of ceftazidime bound to deacylation mutant KPC-4 (E166Q)

PDB: 6Z25

Ссылка на скрипт

Параметры водородных связей между остовными атомами азота и кислорода

Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
Имена атомов Длина связи (Å) Угол N-H-O (°)
Альфа-спирали
1 N(280ALA)- O(276GLU) 2.96 164.0
2 N(282ALA)- O(279ILE) 3.28 114.5
3 N(287LEU)- O(283ALA) 2.97 166.7
Средние значения 3.07 148.4
Бета-тяжи
1 N(238CYS)- O(243THR) 2.92 174.1
2 N(236GLY)- O(245ASN) 3.03 160.5
3 N(245ASN)- O(236GLU) 2.8 144.4
Средние значения 2.92 159.67

Выводы

В целом значения длин связей, приведенные в таблице, не сильно отклоняются от нормальных длин связей в белках(3Å). Значения углов также находятся в допустимом нормальном диапозоне от 100° до 180°.Таким образом, можно сделать вывод, что полученные данные удовлетворяют значениям, определяющим водородную связь.

Источники

Tooke, C.L., Hinchliffe, P., Bonomo, R.A., Schofield, C.J., Mulholland, A.J., Spencer, J.Natural variants modify Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) acyl-enzyme conformational dynamics to extend antibiotic resistance.Received for publication, October 18, 2020, and in revised form, November 21, 2020 Published, Papers in Press, November 30, 2020,https://doi.org/10.1074/jbc.RA120.016461