Множественное выравнивание. Эволюционные домены белков.
Ссылка на проект Jalview:здесь
Для наглядности каждый блок был выделен отдельным цветом: красный-плюс-блок, жёлтый-частичный плюс-блок, чёрный-минус-блок.
Протокол
Таблица 1. Информация об исследуемом домене в Pfam
| ID | DNAPKcs_CC5 |
| AC | PF19704 |
| Число последовательностей Full | 900 |
| Число последовательностей Seed | 23 |
Таблица 2. Информация о блоках выравнивания
Блок |
Паттерн |
Расположение |
Обозначение в проекте Jalview (строка BLOCKS) |
| Вертикальный плюс-блок |
[ED][IMVF][AWYL][KR][LI][KR]R{2}[FV][LV]KD |
621-632 столбцы |
V |
| Частичный плюс-блок |
[LFWYM][KR]..G[PAE][GDN]FG.[KR]{2}[LA].[ALIM][AVIPS][GTS] |
570-586 столбцы |
P |
| Минус-блок |
- |
501-510 столбцы |
M |