Описание области контакта белка и лиганда SO42- в структуре 1YDM
Лиганды в структуре 1YDM
В структуре 1YDM есть всего один тип лиганда: ион SO42-. В каждой из 3-ех цепей белка содержится по одному такому лиганду. Расположение ионов SO42- в структере белка 1YDM приведено на рис.1.
рис.1 Лиганды в составе структуры 1YDM. Структура белка сделана прозрачной, атомы лиганда покрашены в соответствии с их химической структурой.
Линейные размеры по разным осям структуры белка 1YDM существенно отличаются, поэтому укажем условные длину, ширину и высоту белка в табл.1. Наглядные измерения приведены на рис.2.
рис.2 Условные размеры структуры белка 1YDM. На рисунке приведены относительные размеры белка в нанометрах (nm).
Таблица.1
| Единицы измерения | "Длина" | "Ширина" | "Высота" |
| Ангстремы(Å) | 67.3 | 24.62 | 66.41 |
| Нанометры(нм) | 6.73 | 2.462 | 6.641 |
| Метры(м) | 6.73*10-9 | 2.462*10-9 | 6.641*10-9 |
Размеры каждого лиганда оценены по самому большому расстоянию между атомами лиганда. Для ионов SO42- - это расстояние между атомами кислорода. Размер лиганда: 0.241нм, 2.41Å или 0.241*10-9
Анализ области контакта белка из структуры PDB 1YDM и лиганда SO42-
Выбранный для анализа лиганд расположен в цепи C структуры белка 1YDM. С лигандом взаимодействуют три аминокислотных остатка: Glu138, Tyr139 и Tyr140.
рис.3 Элементы цепи С структуры белка 1YDM: контактирующие с лигандом (SO42-) остатки белка и сам лиганд. Для аминокислот, участвующих в образование связей с лигандами подписаны название остатков и их номер. Атомы покрашены по их химической природе: атомы серы - в желтый, азота - в синий, кислорода - в красный, углерода - в серый. На рисунке в явном виде подписаны расстояния в нанометрах (nm) между взамодействующими атомами лиганда и остатков белка.
На следующем рисунке (рис.4) представлено схематическое строение лиганда и связанных с ним структур белка.
рис.4 Схематическое изображение элементов цепи С структуры белка 1YDM, контактирующих с лигандом SO42-. Для каждого аминокислотного остатка, связанного с лигандом, обозначено на рисунке трехбуквеннное обозначение и номер. Предполагаемые связи между остатками и лигандом выделены красным. Для каждой такой связи подсписана ее длина в ангстремах. Толстыми синими линиями обозначено продолжение белка.
Скрипт, с помощию которого были созданы 1 и 3 рисунки.
© Nuzhdina Ekaterina, 2012