• На главную
• Семестры
• Проекты
• Заметки
• Обо мне
• Ссылки

Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro.

Доменная структура белка YQGN_BACSU по данным Pfam.

Табл.1.Доменная структура белка YQGN_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка	Клан
1.	PF01812	5-FTHF_cyc-lig	Семейство доменов названо по ферменту 5-формилтетрагидрофолату цикло-лигазе, катализирующему соединение двух молекул с образованием новой химической связи между азотом и углеродом ( превращение 5-формилтетрагидрофолата (5-FTHF) в 5-10-метенилтетрагидрофолат).	2–179	Клан ISOCOT_Fold (CL0246), содержит 11 семейств: 5-FTHF_cyc-lig, AcetylCoA_hyd_C, AcetylCoA_hydro, CitF, CoA_trans, DeoRC, DUF162, Glucosamine_iso, IF-2B, Rib_5-P_isom_A, Sugar-bind.

Данные о домене 5-FTHF_cyc-lig

Домен входит в 19 архитектур. Для 4810 белков, содержащих домен, известна последовательность. Для 6 разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура (домена или всего белка).
Сохраним выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену. Для этого в меню "Alignments", выбераем формат MSF, Seed (а не Full — все последовательности), "Generate" и "Download".
Выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену доступно для скачивания в формате MSF.

Из рис.1. мы видим, что выравнивание очень похоже на достоверное, так как основные участки белков выравнялись достаточно хорошо (особенно те, которые участвуют в связывание лиганда SO₄ - подребнее о нем можно узнать здесь в разделе "Анализ 3D-структуры белка исходя из выравнивания"). На основание этого можно с большой уверенностью предположить гомологию.

Данные о доменной архитектуре

Теперь рассмотрим доменную архитектуру, состоящую из двух доменов : IATP, 5-FTHF_cyc-lig из Drosophila sechellia (Fruit fly). Для того, чтобы получить данные о структуре домена нужно кликнуть по нему и перейти на страницу с описанием. Далее переходим по ссылке "Species" => "Tree". Выбираем "Expand to depth" = 2.

Табл.2. Представленность домена PF04568 в организмах разных таксонов( http://pfam.sanger.ac.uk//family/PF04568#tabview=tab7)

Таксон		Количество белков с доменом PF04568
Эукариоты	Зеленые растения	15
	Грибы	111
	Животные	92
	Остальные эукариоты	5
Археи		0
Бактерии		3
Вирусы		0

Табл.3. Представленность домена PF01812 в организмах разных таксонов( http://pfam.sanger.ac.uk//family/PF01812#tabview=tab7)

Таксон		Количество белков с доменом PF01812
Эукариоты	Зеленые растения	25
	Грибы	127
	Животные	92
	Остальные эукариоты	33
Археи		85
Бактерии		4113
Вирусы		0

Как видно из табл.3. домен PF04568 почти не представлен у бактерий и совсем отсутствует у вирусов и архей. Из табл.4. видно, что домен PF01812 совсем не представлен у вирусов и очень распростарнен среди бактерий, в противоположенность домену PF04568. Оба домена примерно одинаково распределены по таксонам Эукариот.

Сравнение описания мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro

Самый короткий мотив? В каком банке он описан?	(Семейство IPR002698) 5-FTHF_cyc-lig, accessesion PF01812 - описан в банке Pfam и MTHFS_bact, accession TIGR02727 - описан в банке TIGRFAMs
Как называется самый длинный мотив? В каком банке он описан?	(Семейство IPR002698) PTHR23407:SF1 - Описан в банке PANTHER

Список литературы: