Описания программ
bash
bash (от англ. Bourne again shell, каламбур «Born again» shell — «Возрождённый» shell) — усовершенствованная и модернизированная вариация
командной оболочки Bourne shell. Одна из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX.
Особенно популярна в среде Linux, где она часто используется в качестве предустановленной командной оболочки[1].
Существует три основных потока:
- stdin - входной поток
- stdout - стандартный выходной поток
- stderr - выходной поток ошибок
| Операторы перенаправления потоков | |
| Оператор | Описание |
| > или 1> file | Перенаправляет только stdout в файл. |
| 2>file | Перенаправляет только stderr в файл. |
| >>file | Перенаправление stdout в конец файла. |
| &>file | Перенаправление stdout и stderr в файл. |
| |command | Перенаправление stdout на вход комманде command. (Например, wc, echo,...) |
| Спецсимволы | |
| Оператор | Описание |
| / | Корень сервера. Папка, не имеющая родительских. |
| ~/ | Домашняя директория текущего пользователя. |
| ../ | Родительская директория для текущей директории. |
| ! | Используется для вызова команды из журанала команд. При вводе !7 вызовется использованная ранее команда, записанная в журнале под номером 7. |
| \ | При сочетании с любым последующим символом выводит его. Используется для экранирования спецсимволов, если мы хотим использовать их в другом качестве. |
| Маски файлов | |
| Оператор | Описание |
| * | Заменяет собой любые символы или их отсутствие. |
| [] | Можно задать определенные значения из промежутка. Например, [1-9] - одна любая цифра от 1 до 9. |
| {} | Указывает кол-во повторений предыдущего символа. |
| ? | Заменяет какой-либо один символ. |
EMBOSS
EMBOSS (the European Molecular Biology Open Software Suite) - Европейский пакет открытого программного обеспечения по
молекулярной биологии.
Рассмотрим описание команды infoseq и ее параметров:
Команда infoseq без дополнительных опций показывает на экран основную информацию об одной или
более входящей последоватнльности: Uniform Sequence Address (USA) - единый адресс последовательности,
название, идентификатор Uniprot(AC), тип (nucleic или белок), длину, процент C+G вхождений и описание.
Рассмотри некоторые из параметров команды.
| Параметр | Значение | Пример команды | Результат |
| -outfile | Имя файла для вывода информации. | infoseq sw:YQGN_BACSU -outfile filename | Записывает основную информацию в файл filename.txt. См. файл. |
| -html | - | infoseq sw:YQGN_BACSU -html | Выводит на терминал основную информацию о белке в виде html-таблицы. См. файл. |
| -gi | - | infoseq sw:YQGN_BACSU -gi | Выводит идентификатор в GenBank (если есть). |
| -columns | Y по умолчанию, N. | infoseq sw:YQGN_BACSU -columns N-gi | Выводит на терминал данные либо колонкоми, либо с разделителем | .См. файл. |
| -delimeter | Любое. | infoseq sw:YQGN_BACSU -columns N -delimiter KKK | Позволяет вывести информацию с любым разделителем. См. файл. |
| -help | - | infoseq -help | Выводит основную информацию о команде. См. файл. |
Так же можно выделить определенные необходимые нам данные. Сделать это воможно (прямопротивоположенными) способами. Первый - указать, какая информация нам не нужна (-noname, -nolength, ...). В основе параметра всегда пишем -no, а потом пишем тот парметр, который мы хотим исключить(name, lenght, ...).
Пример команды, которая выведет всю информацию, кроме названия организма: infoseq sw:YQGN_BACSU -noname
USA Database Accession Type Length Organism sw-id:YQGN_BACSU sw P54491 P 187 Bacillus subtilis (strain 168) Description Uncharacterized protein YqgN
Во втором способе мы наоборот указываем только необходимую информацию.
Пример команды, которая выведет только название организма: infoseq sw:YQGN_BACSU -only -organism
Organism
Bacillus subtilis (strain 168)
Аналогичным образом с парамтерами можно использовать name (имя), usa (единый адресс последовательности), database (база данных), accession (идентификатор Uniprot AC), type (тип), lenght (число аминокислотных остатков), pgc (процент содержания гуанин-цитозин), organism (название организма), description (описание). Использована информация:
[1] Информация о bash
Полезные ссылки:
© Nuzhdina Ekaterina, 2012