Меню

Использование пакета EMBOSS

Программа entret пакета EMBOSS служит для получения полной записи из банка данных. Формат обращения:
entret <код банка>:.
Для того чтобы получить информацию о всех ортологах белка 1YDM из рода Bacillus, введем в командную строку PUTTY следующий запрос :

			entret   sw:YQGN_BAC*
		

Наш запрос, к сожалению выдает всего одну структуру белка YQGN из Bacillus subtilis (исследованная нами ранее).

Использование базы данных Uniprot

Попробуем использовать Advanced Search в базе данных UniprotKB для нахождения все же ортологов нашего белка. Будем искать по названию белка и только "entries from a complete proteome set", то есть записи из полностью секвенированных геномов. В строку напишем : name:YQGN AND keyword:181. База данных выдадет нам 8 записей. Однако мы не указали, что структура белка нужна нам именно из рода Bacillus. Исправим это недоразумение: name:yqgn AND taxonomy:bacillus AND keyword:181. Теперь запрос выдадет, то что нам надо и уже всего 3 записи.. Все наши находки, кроме одной(YQGN_BACSU) находятся в базе данных TrEMBL: A7Z6Q5_BACA2 и Q65HC6_BACLD.
В таблице представлена сравнительная характеристика для ортологов.

Выравнивание последовательностей 3-ех белков с помощью программы Clustal Omega представленны в файле Alignment.txt. Звездочками отмечены совпадения аминокислотных остатков в 3-ех белках одновременно, "." и ":" совпадения у двух белков. На основание выравнивания можем сделать вывод о консервативных участках аминокислотных последовательностей для данных белков, например, с более, чем 5 повторяющимися ам.остатками. Таковыми являются:

		"VCIPKC"
		"GGGYYDRYL" 
		"PHDIPV"
		

Полезные ссылки:

1. Сайт с информацией о пакете EMBOSS