• На главную
• Семестры
• Проекты
• Заметки
• Обо мне
• Ссылки

Паттерны и банк PROSITE

Содержит ли Swissprot послание инопланетян? :)

Предскажем теоретически сколько раз слово eagle встречается в банке SwissProt. Для этого нам нужно знать количество аминокислот во всех последовательностях банка: 191670831 и процент встречаемости каждой аминокислоты (буквы нашего слова в данном конкретном случае) в Swissprot.

• A: 8,25 %
• E: 6,75%
• G: 7,07%
• L: 9,66%

При помощи этих данных рассчитываем: 8.25 * 6.75 * 7.07 * 9.66 * 191670831 * 10^-10 = 72.9 , то есть слово eagle встречается в банке SwissProt примерно 73 раза. Теперь проверим наши теоритические расчеты на практике. Зайдем на страницу Prosite и введем паттерн E-A-G-L-E. Посмотрим на результаты нашего поиска: найдено 600 хитов в 594 последовательностях.

Нахождение вероятных гомологов белка YQGN_BACSU в банке SwissProt с помощью паттернов

"Сильный" паттерн - тот, в который включены много условий; его роль - принаходить входные последовательности и последовательности, с большой долей уверенности гомологичные данные. При этом может пропускать много других гомологов.
"Слабый" паттерн - тот, в котором мало условий; он находит много последовательностей. Однако уверенности в том, что все находки - действительно, последовательности гомологичных белков, меньше, чем в случае сильного паттерна. Зато можно ожидать, что меньше гомологичных последовательностей пропущено.

Табл. 1. Находки по патерну

Такое маленькое количество находок среди найденных ранее гомологов объясняется тем, что очень большое число из них содержится в базе UniProtKB/TrEMBL(макс кол-во находок превышает >= 10000 ), а некоторые содержатся только в PDB.

Мотивы PROSITE в последовательности белка YQGN_BACSU

Откроем главную страничку PROSITE. Введем в нужное окошко (в разделе PROSITE tools) AC белка - P54491. В чекбоксе "Exclude patterns with a high probability of occurrence" снимем галочку, чтобы были выданы не только "специфичные" мотивы — те, которые отвечают семействам белков, но также и "неспецифичные", часто встречающиеся. Нажмем кнопку "Quick Scan".

Табл. 2. Мотивы PROSITE в последовательности белка YQGN_BACSU

© Nuzhdina Ekaterina, 2012