Поисковые системы

Особенности (features) аминокислотной последовательности белка YQGN_BACSU

С помощью SRS найдите ваш белок в банке SwissProt и опишите не менее трех "особенностей" (features) в его аминокислотной последовательности.
1) Заходим на главную страницу SRS, далее выбираем вкладку "Library Page", находящуюся в верхней части экрана.
2) Во вкладке "UniProt Universal Protein Resource" отмечаем галочкой "UniProtKB/Swiss-Prot".
3) Кликаем на кнопке в левой части экрана в блоке "Search Options".
4) В блоке "Fields you can search" вместо "AllText" выбираем "ID".
5) "Your search terms" набираем идентификатор белка. В нашем случае "YQGN_BACSU". Нажимаем кнопку "Search".
6) В первом столбце появившейся таблицы кликаем по ссылке. Нам откроется информация по белку в базе данных UniProtKB/Swiss-Prot.

рис.1 Таблица с информацией с сайта SRS.

Найденная информация по особенностям аминокислотной последовательности:
Присутствуют элементы вторичной структуры - восемь альфа-спиралей.

рис.2 Таблица с информацией с сайта SRS.

Их последовательности приведены ниже.
Helix1    11 AA; (5-15)
LRKKTLEALSA

Helix2    16 AA;(18-33)
NEDILQKTERMYKYLF

Helix3     4 AA;(36-39)
PEWQ

Helix4    9 AA;(57-65)
RPVIEQAWE

Helix5     5 AA;(93-97)
LETVY

Helix6    3 AA;(113-115)
PSQ

Helix7     3 AA;(143-145)
YLS

Helix8     3 AA;(157-159)
ECQ
Так же в структуре обнаружен участок поворота:
TURN     3 AA;(140-142)
YDR
Предположительно в структуре присутствует участок, который связывается с аденозин-5'-трифосфатом (АТФ).
BINDING     (170)  ATP (Potential) 1 AA;
D

Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к белку YQGN_BACSU

1) Заходим на главную страницу SRS, далее выбираем вкладку "Library Page", находящуюся в верхней части экрана.
2) Во вкладке "UniProt Universal Protein Resource" отмечаем галочкой "UniProtKB/Swiss-Prot".
3) Кликаем на кнопке в левой части экрана в блоке "Search Options".
4) В блоке "Fields you can search" вместо "AllText" выбираем "ID".
5) "Your search terms" набираем идентификатор белка. В нашем случае "YQGN_BACSU". Нажимаем кнопку "Search".
6) В левой части страницы в разделе "Result Options" находим строчку "Link to related information:", кликаем по кнопке "LINK".
7) В разделе "Protein function, structure and interaction databases" ставим галочку на "PDB".
8) Нажимаем кнопку "Search" в левой части страницы. Получаем следующую страницу:

рис.3 Окошко.
9) По ссылке "Save" сохраняем файл в текстовом формате - File(text).
10) В поле Save with view установливаем на PDBShortView.
Полученный файл можно посмотреть по ссылке.

Изучение страницы с описанием поля "Taxonomy" банка Swissprot

1) Заходим на главную страницу SRS, далее выбираем вкладку "Library Page", находящуюся в верхней части экрана. Во вкладке "UniProt Universal Protein Resource" кликаем на "UniProtKB/Swiss-Prot".
2) Листаем страницу вниз до появление таблицы из 7 колонок.
3) В самой первой колонке "Field Name" кликаем по "Taxonomy".
4) В окошко рядом с "List values that match" вбиваем интересующую нас информацию.

рис.4 Окошко.
Названия каких таксонов начинаются на "bacil"?
Для нахождения таксонов в окошко вбиваем "bacil*".

рис.5 Таксоны, начинаюшиеся на "bacil". Как видно из принтскрина полученного результата таких таксонов всего 9.
bacillaceae, bacillales, bacillariaceae, bacillariales, bacillariophyceae, bacillariophycidae, bacillariophyta, bacilli, bacillus.
Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из рода Bacillus?
Для нахождения таксонов в окошко вбиваем "Bacillus".

рис.6 Записи, описывающие белки из рода Bacillus. Всего 23118 записей в базе данных SwissProt.
Сколько в банке Swissprot записей, описывающих белки из отдела Firmicutes?
Для нахождения таксонов в окошко вбиваем "Firmicutes".

рис.7 Записи, описывающие белки из отдела Firmicutes. Всего 68230 записей в базе данных SwissProt.


Полезные ссылки:
  1. Сайт SRS

© Nuzhdina Ekaterina, 2012