• На главную
• Семестры
• Проекты
• Заметки
• Обо мне
• Ссылки

Классификация ферметов (EC)

Сбор информации о ферменте O95336

Для фермента O95336 (6-phosphogluconolactonase) определим EC-код. Расшифруем EC-код и переведем на русский активность, соответствующую каждому из четырех чисел кода, воспользовавшись сайтом "Enzyme Nomenclature" (NC-IUBMB).

EC код для 6-фосфоглюконолактоназы: EC=3.1.1.31

Расшифруем: что означают отдельные цифры в коде:

EC 3. - Hydrolases (Гидролазы - это класс ферментов, катализирующий гидролиз ковалентной связи). Общий вид реакции, катализируемой гидролазой выглядит следующим образом:
AB + H2O > AOH + BH

EC 3.1 - Acting on Ester Bonds (Действует на сложноэфирные связи)

EC 3.1.1 - Carboxylic Ester Hydrolases (Карбоксэфирные гидролазы)

EC 3.1.1.31 - 6-phosphogluconolactonase (6-фосфоглюконолактоназа)

Рис.1 Диаграмма ранних стадий пентозофосфатного цикла, в которых участвует 6-фосфоглюконолактоназа

Интерактивную картинку так же можно посмотреть по ссылке
(Увеличенное изображение при клике на картинке)

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

С помощью SRS выясним, сколько белков человека являются ферментами с тем же классом по EC, сколько — с тем же классом и подклассом, сколько имеют общие с ферментом O95336 три уровня классификации и сколько — все четыре. Эти данные представлены в табл.1.

Таблица 1. Количество ферментов с близкими функциями описанные в Swiss-Prot

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

С помощью UniProt получим список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс (т.е., первое число) классификации EC совпадает с таковыми фермента O95336. Для этого, в поле "Query" напишем

Полученные данные и дальнейшая с ними работа приведена на рис.2.

Рис.2 Данные Uniprot для всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс (т.е., первое число) классификации EC совпадает с таковым фермента O95336

Для того, что бы получить только нужную информацию из всего многообразия полученнных данных, зайдем в раздел "Customize".

Для того, что бы получить данные для ID белка и EC оставим в правой колонке только запись EC number. Добавим ее кнопкой "show" из левого столбца, а все остальные строки из правого столбца скроем кнопкой "Hide".

Полученный результат сохраним в виде двух файлов, в одном последовательности в Fasta-формате, в другом — текстовая таблица, в которой против ID каждого белка указан его полный EC-код.

Всего нашлось 1,719 белков.

Таблица 2. Количество белков M.musculus в Swiss-Prot c конкретным EC

Теперь с помощью программы blastp, среди найденных белков, определим сходные по последовательности с ферментом O95336. При этом в качестве порога по e-value будем использовать значение равное 1.

-outfmt 7 ( 7 = tabular with comment lines)
На выходе мы получим файл - 6PGL_HUMAN_homologs.out.

Таблица 3. Результаты поиска схожих с ферментом P08319 последовательностей в Mus musculus

Табл.3 отражает насколько сохраняется функция (т.е. подкласс, подподкласс и порядковый номер EC) в зависимости от позиции находки в выдаче blastp.

© Nuzhdina Ekaterina, 2012