Нахождение гидрофобных кластеров
Гидрофобные кластеры в структуре 1YDM белка yqgN
С помощью сервиса Clud в структуре 1YDM был произведён поиск гидрофобных кластеров. Со значениями 5 (рис.1) и 4 (рис.2) для порога расстояния и 10 для размера кластера.
Рис.1. Гидрофобные кластеры в структуре 1YDM, порог расстояния 5
Для порога расстояния 5 было найдено 6 кластеров, которые покрывают всю структуру белка. Если обратиться к сервису CATCH, то можно увидеть, что в нем каждая цепочка структуры 1YDM соответсвует домену: 1ydmA00, 1ydmB00, 1ydmC00.
Рис.2. Гидрофобные кластеры в структуре 1YDM, порог расстояния 4
Для порога расстояния 4 было найдено 6 кластеров, по 2 кластера в каждой цепи белка. Эти кластеры расположены "внутри белка" в местах контакта альфа-спиралей.
Рис.3. Гидрофобные кластеры в участках контакта спиралей в структуре 3Q8T
Поиск гидрофобных кластеров в димере белка 3Q8T (цепях A и B структуры с мотивом coiled coil) позволяет различить гидрофобные кластеры в участках контакта двух спиралей (рис.3). Значения для порога расстояния и размера кластера – 4.5 и 3, соответственно. Гидрофобный кластер между двумя спиралями крайне необходим для контакта.